当前解析结果
SmilChr05G000067| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000067 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000067 |
| 描述 | anti-H(O) lectin 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 326910 - 328070 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026547 |
|---|---|
| GeneID | 131026547 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026547 |
| 原始查询 | SmilChr05G000067 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anti-H(O) lectin 1-like |
| 产物 | anti-H(O) lectin 1-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=31; qcov=0.896; evalue=8.23e-17; confidence=low |
| Rice | Os09g0334800- identity=34.5; qcov=0.896; evalue=3.66e-32; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026547 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812420.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057812420.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057812420.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812420.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812420.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:327178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr5:327187 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B62 |
Chr5:327216 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B140,B90,B92 |
Chr5:327242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:327269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:327275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:327317 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B24 |
Chr5:327341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C13 |
Chr5:327351 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B41 |
Chr5:327351 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:327401 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C53 |
Chr5:327401 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812420.1PF00139
Lectin_legB 29-278 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812420.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 29 | 278 | 3.6e-45 | 155.2 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。