当前解析结果
SmilChr05G000068| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000068 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000068 |
| 描述 | mannose-specific lectin alpha chain-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 332994 - 334220 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026552 |
|---|---|
| GeneID | 131026552 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026552 |
| 原始查询 | SmilChr05G000068 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mannose-specific lectin alpha chain-like |
| 产物 | mannose-specific lectin alpha chain-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=31.9; qcov=0.872; evalue=1.68e-19; confidence=low |
| Rice | Os09g0334800- identity=38.6; qcov=0.806; evalue=7.33e-29; confidence=medium |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026552 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812425.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812425.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812425.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812425.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812425.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:333086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,C10,C2 |
Chr5:333095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr5:333138 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B77 |
Chr5:333138 |
C |
CAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr5:333157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C53,D5 |
Chr5:333171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:333175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr5:333262 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C8 |
Chr5:333537 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,C15 |
Chr5:333587 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B49,B6,C67 |
Chr5:333639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C56 |
Chr5:333648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812425.1PF00139
Lectin_legB 29-253 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812425.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 29 | 253 | 6.3e-47 | 160.9 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。