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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000071

染色体: Chr05 坐标: 356429-357547 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000071
名称SmilChr05G000071
描述lectin alpha chain-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向356429 - 357547 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026549
GeneID131026549
locus_tag-
NCBI NameLOC131026549
原始查询SmilChr05G000071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lectin alpha chain-like
产物lectin alpha chain-like
ArabidopsisAT5G65600 (AT5G65600)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686]
identity=33.8; qcov=0.78; evalue=3.5e-19; confidence=low
RiceOs01g0779300
-
identity=33.3; qcov=0.899; evalue=2.37e-29; confidence=low
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00139 (Lectin_legB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026549

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812421.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812421.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812421.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812421.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812421.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:356643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:356684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr5:356713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr5:356714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr5:356717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,D6
Chr5:356811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:356813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B20,B76
Chr5:356817 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B18,B19,B21,B38,B45,B63,C53
Chr5:356850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B134
Chr5:356975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:357014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D11
Chr5:357047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812421.1
277 aa
N
1
138
277
Lectin_legB
C
PF00139 Lectin_legB 31-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812421.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 31 261 5.5e-46 157.8 Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956438.1
TAGGCAATTAAATCATAATATCATGCATATATACACTATTCACTATTTACTATAAATAGGAGCAAGAGATGCCACCATCATCCACCACATCTAAATATACTCAATTAAGCCATGGCTAAGCTCCTCCAAACCCTAATTCCTCTCCTCTCCTCCGTCGTCGTCCTCCTCGCCGCTGCCGCCAACACTGCGCAGTCCCAATCGACGTCCTTCACCTACGACTTCTGGAGCGACAAGCCGACCGATCTCACCTACCAAGGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026549
ATGGCTAAGCTCCTCCAAACCCTAATTCCTCTCCTCTCCTCCGTCGTCGTCCTCCTCGCCGCTGCCGCCAACACTGCGCAGTCCCAATCGACGTCCTTCACCTACGACTTCTGGAGCGACAAGCCGACCGATCTCACCTACCAAGGCCAAGCCCATTTCCCATCGGACTCCACCTTCCTCCGCCTCACCAACCCGATAATCGGCAGTGTCGGCCGGGTCTTGTACTCGAACCCTGTCCAGTTCTCCCAAGCCGGCGGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812421.1
MAKLLQTLIPLLSSVVVLLAAAANTAQSQSTSFTYDFWSDKPTDLTYQGQAHFPSDSTFLRLTNPIIGSVGRVLYSNPVQFSQAGGQVDFETTVNFIITPSPTNLTADGITFFIAPVGSTIPNGGTGGNLGIFGFSGNSPSVFAIEFDTFVNNPWDPSYPHIGIDIGSRESRNTTEFSEGIIRQLVSARINYVGATKMITVTATNGWKTVEVSYEYDLSGFLPEQVQVGLSAASGLSQPYVATHDIVLWNFKATMVQTNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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