当前解析结果
SmilChr05G000071| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000071 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000071 |
| 描述 | lectin alpha chain-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 356429 - 357547 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026549 |
|---|---|
| GeneID | 131026549 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026549 |
| 原始查询 | SmilChr05G000071 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lectin alpha chain-like |
| 产物 | lectin alpha chain-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=33.8; qcov=0.78; evalue=3.5e-19; confidence=low |
| Rice | Os01g0779300- identity=33.3; qcov=0.899; evalue=2.37e-29; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026549 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812421.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812421.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812421.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812421.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812421.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:356643 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:356684 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr5:356713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr5:356714 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr5:356717 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C78,D6 |
Chr5:356811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:356813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B20,B76 |
Chr5:356817 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B18,B19,B21,B38,B45,B63,C53 |
Chr5:356850 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B134 |
Chr5:356975 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:357014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,D11 |
Chr5:357047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812421.1PF00139
Lectin_legB 31-261 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812421.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 31 | 261 | 5.5e-46 | 157.8 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。