当前解析结果
SmilChr05G000073| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000073 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000073 |
| 描述 | lectin-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 366259 - 367275 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026554 |
|---|---|
| GeneID | 131026554 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026554 |
| 原始查询 | SmilChr05G000073 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lectin-like |
| 产物 | lectin-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=34.9; qcov=0.793; evalue=8.17e-24; confidence=low |
| Rice | Os08g0124500- identity=31.8; qcov=0.974; evalue=4.8e-31; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB); PF03388 (Lectin_leg-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026554 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812427.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812427.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812427.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812427.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812427.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:366437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B74,C11,C69 |
Chr5:366459 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr5:366537 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr5:366545 |
C |
CGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B128,B136,B22,B29,B54,C41 |
Chr5:366553 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A13,A6,A9,B100,B103,B13,B131,B137,B140,B27,B33,B41,B75,C20,C25,C31,C56,C60,C62,D10,D11 |
Chr5:366602 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr5:366634 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B114,C9,D11 |
Chr5:366634 |
G |
GCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B114,C9,D11 |
Chr5:366637 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B114,C9,D11 |
Chr5:366637 |
TCC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B114,C9,D11 |
Chr5:366639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C62 |
Chr5:366642 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812427.1PF00139
Lectin_legB 27-253 aa
PF03388
Lectin_leg-like 43-245 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812427.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 27 | 253 | 9.1e-50 | 170.2 | Legume lectin domain |
XP_057812427.1 |
Pfam | PF03388 |
Lectin_leg-like | Domain | 43 | 245 | 4.6e-06 | 26.9 | Legume-like lectin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。