当前解析结果
SmilChr05G000074| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000074 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000074 |
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 374250 - 375232 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026553 |
|---|---|
| GeneID | 131026553 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026553 |
| 原始查询 | SmilChr05G000074 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 产物 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| Arabidopsis | AT5G10530 (AT5G10530)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830918] identity=31.9; qcov=0.945; evalue=2.41e-22; confidence=low |
| Rice | Os08g0124500- identity=30.6; qcov=0.974; evalue=9.19e-30; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026553 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812426.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812426.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812426.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812426.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812426.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:374447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B40,B62,B81 |
Chr5:374551 |
CGT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A1,B134,B28,B32,B33,B81,C31,C54,C62 |
Chr5:374563 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | B113,B114,B131,B134,B28,B3,B32,B33,B64,B81,B96,C30,C31,C34,C54,C62,C87 |
Chr5:374570 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | B113,B114,B131,B134,B28,B3,B64,B81,C31,C62,C87 |
Chr5:374582 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B100,B13,C25,C62 |
Chr5:374609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr5:374679 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr5:374846 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:374854 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:374889 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr5:374904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr5:374954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812426.1PF00139
Lectin_legB 27-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812426.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 27 | 258 | 1.5e-48 | 166.2 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。