Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000079`

染色体: Chr05 坐标: 403881-405002 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000079`
名称	SmilChr05G000079
描述	mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	403881 - 405002 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026558`
GeneID	`131026558`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026558`
原始查询	`SmilChr05G000079`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
产物	mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
Arabidopsis	`AT5G65600` (AT5G65600) Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=31.2; qcov=0.851; evalue=4.15e-17; confidence=low
Rice	`Os09g0334800` - identity=31.1; qcov=0.749; evalue=1.21e-24; confidence=low
GO	GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	-
Pfam	PF00139 (Lectin_legB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057812431.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812431.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812431.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812431.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057812431.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:404098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C41
`Chr5:404109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B133,B60,C9
`Chr5:404114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr5:404173`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	A19,A3,B112,B89,C16
`Chr5:404173`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	CDS_variant	5	A19,A3,B112,B89,C16
`Chr5:404174`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A19,A3,B112,B89,C16
`Chr5:404174`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A19,A3,B112,B89,C16
`Chr5:404271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C73
`Chr5:404289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr5:404487`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr5:404546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B100,B13
`Chr5:404592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812431.1

275 aa

138

275

Lectin_legB

PF00139 Lectin_legB 32-261 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812431.1`	Pfam	`PF00139`	Lectin_legB	Domain	32	261	2.5e-39	136.0	Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956448.1
CCCTTCAATTTAGAGAATCCCTTACTAGAAATAGGTGCAAGAGATCGATACCACCATCATCCACCACATCTAAATCTAAATCAATTAAGCCATGGCCAACCAGCTTCTTCAAACCTTAACTCCTCTCCTCTCCTCCATCATCCTCCTCCTCGCCGTTTCCAACACGGCGTTGTCCCAAACGATGTCCTTCGCCTACGACTTCACGGTCGACCGGCCGATAGATCTCATCTATCAAGGCAACGCCCACTTCCCGACGGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026558
ATGGCCAACCAGCTTCTTCAAACCTTAACTCCTCTCCTCTCCTCCATCATCCTCCTCCTCGCCGTTTCCAACACGGCGTTGTCCCAAACGATGTCCTTCGCCTACGACTTCACGGTCGACCGGCCGATAGATCTCATCTATCAAGGCAACGCCCACTTCCCGACGGACTCCACCTTCCTCCGCCTCACAGACGCACTGCCGTGCCATGTCGGCCGCGTCTTGTACTCGAAACCGGTCCAATTCGGGCAGTCCGGTGGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812431.1
MANQLLQTLTPLLSSIILLLAVSNTALSQTMSFAYDFTVDRPIDLIYQGNAHFPTDSTFLRLTDALPCHVGRVLYSKPVQFGQSGGQVDFESTVNFIITPGAADNEPAYGLAFFIAPVGSTIPLGSCGANLGIFGPNGNSPSVFAMGINAHVNDAWDPNYPHIGIHIESRIPRNLTKFNSNILGRQVTAWITYVGATRMISVRVTAGSQTFDVSYEYDLSDLLPQQVQVGLSAATGQHVAVHDIVSWNFRATVEQTNAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器