当前解析结果
SmilChr05G000084| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000084 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000084 |
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 461963 - 463164 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026563 |
|---|---|
| GeneID | 131026563 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026563 |
| 原始查询 | SmilChr05G000084 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 产物 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=33.2; qcov=0.807; evalue=8.44e-18; confidence=low |
| Rice | Os08g0124500- identity=32.8; qcov=0.963; evalue=1.44e-30; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026563 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812434.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812434.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812434.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812434.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812434.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:462179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr5:462192 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C41 |
Chr5:462207 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B120,B136,B42 |
Chr5:462224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 39 | A15,A2,A25,B1,B101,B105,B11,B113,B137,B139,B17,B18,B21,B3,B30,B31,B36,B37,B44,B45,B47,B50,B54,B76,B86,B91,B95,B97,C19,C23,C29,C39,C48,C55,C68,C73,C77,C81,D2 |
Chr5:462228 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A1,A21,A22,B107,B109,B114,B126,B128,B135,B14,B18,B32,B34,B4,B43,B53,B55,B56,B58,B90,B93,C11,C16,C19,C24,C25,C44,C6,C69,C82,C87,C9,D7 |
Chr5:462256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr5:462286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B34,C60,C65,D1 |
Chr5:462365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr5:462376 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr5:462380 |
T |
TTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A13,B11,B110,B111,B122,B135,B34,B37,B51,B60,B64,B77,B82,B95,C16,C25,C36,C37,C39,C48,C82,D11,D4 |
Chr5:462382 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A13,B11,B110,B111,B122,B135,B34,B37,B5,B51,B60,B64,B82,B95,C16,C25,C36,C37,C39,C48,C82,D11,D4 |
Chr5:462406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812434.1PF00139
Lectin_legB 26-253 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812434.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 26 | 253 | 6.8e-50 | 170.6 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。