当前解析结果
SmilChr05G000092| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000092 |
| 描述 | agglutinin-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 521443 - 522116 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024725 |
|---|---|
| GeneID | 131024725 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024725 |
| 原始查询 | SmilChr05G000092 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | agglutinin-2-like |
| 产物 | agglutinin-2-like |
| Arabidopsis | AT5G10530 (AT5G10530)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830918] identity=28.9; qcov=1.07; evalue=2.28e-07; confidence=low |
| Rice | Os09g0334800- identity=29.9; qcov=1.03; evalue=3.51e-10; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024725 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057810246.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057810246.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057810246.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810246.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810246.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:521622 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A1,A24,A7,B10,B108,B13,B134,B4,B41,B49,B50,B56,B60,B7,B77,B96,B98,C20 |
Chr5:521630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B72 |
Chr5:521720 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A14,A21,B101,B132,B136,B17,B32,B57,B61,B62,B63,B7,B71,B79,C1,C19,C38,C62 |
Chr5:521735 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B60,B91,C55 |
Chr5:521797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B113,B95 |
Chr5:521797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B95 |
Chr5:521896 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 68 | A11,A6,A7,A8,B1,B105,B11,B111,B113,B118,B119,B122,B126,B128,B137,B23,B26,B3,B33,B34,B4,B45,B47,B5,B52,B55,B68,B73,B74,B76,B81,B83,B85,B86,B94,B95,B97,B99,C14,C19,C21,C23,C24,C26,C28,C29,C32,C39,C42,C43,C44,C51,C56,C59,C68,C72,C73,C76,C79,C8,C82,C86,C87,C9,D10,D11,D4,D5 |
Chr5:521913 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 22 | B10,B103,B125,B13,B134,B14,B31,B4,B42,B43,B50,B6,B60,B77,B90,B92,C17,C25,C35,C44,C67,C87 |
Chr5:521976 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 27 | A14,A21,A9,B101,B115,B12,B124,B129,B132,B136,B18,B2,B32,B40,B51,B61,B62,B71,B75,C1,C17,C31,C37,C38,C45,C62,D6 |
Chr5:522012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 66 | A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A9,B106,B119,B12,B123,B124,B13,B138,B139,B140,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B35,B36,B38,B39,B48,B49,B51,B63,B65,B84,B85,B87,B93,B98,C12,C15,C2,C22,C30,C32,C34,C4,C41,C43,C46,C48,C49,C5,C50,C53,C56,C61,C68,C75,C77,C81,D2 |
Chr5:522031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr5:522047 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810246.1PF00139
Lectin_legB 8-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810246.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 8 | 133 | 6.4e-17 | 62.6 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。