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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000128

染色体: Chr05 坐标: 1025335-1066327 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000128
名称SmilChr05G000128
描述probable cyclic nucleotide-gated ion channel 20, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1025335 - 1066327 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026580
GeneID131026580
locus_tag-
NCBI NameLOC131026580
原始查询SmilChr05G000128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable cyclic nucleotide-gated ion channel 20, chloroplastic
产物probable cyclic nucleotide-gated ion channel 20%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G17700 (CNBT1)
cyclic nucleotide-binding transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821037]
identity=55.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0773400 (OsCNGC4)
-
identity=53.1; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005249 (voltage-gated potassium channel activity); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00520 (Ion_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057812452.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812452.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812452.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812452.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812452.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1026507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C68
Chr5:1026508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,C16,C17,C38
Chr5:1026534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C61
Chr5:1027453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C57
Chr5:1027472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C28,D10
Chr5:1027777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C24
Chr5:1028190 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr5:1028190 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr5:1028406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr5:1028757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B91
Chr5:1028778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B91
Chr5:1028779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C28,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812452.1
766 aa
N
1
383
766
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
XP_057812453.1
766 aa
N
1
383
766
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
XP_057812454.1
766 aa
N
1
383
766
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
XP_057812455.1
766 aa
N
1
383
766
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
XP_057812456.1
766 aa
N
1
383
766
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
XP_057812457.1
713 aa
N
1
356
713
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 189-511 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812452.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.2e-20 73.6 Ion transport protein
XP_057812453.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.9e-20 73.2 Ion transport protein
XP_057812454.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.9e-20 73.2 Ion transport protein
XP_057812455.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.2e-20 73.6 Ion transport protein
XP_057812456.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.9e-20 73.2 Ion transport protein
XP_057812457.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 189 511 2.3e-20 73.5 Ion transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102344.1
CTACTATTGTTTTTTATTTCTAGAGTGCCACCATCTCCACAAATCGTATTCTCAGCTGATGGTGATTTGGGTATGGCGCCTTATGGTCTCAAGAATACGATTAAGGGTATTCTACTATTGGCTTGCATTTCCCTCGTTTCACGCTCTCCACAAATCATAACCTCAGCGGATGATTTTTGTAAGGCGGCTTATGGTGCAGCGACTTCTCTCAAGAATACGGTTCTGCGTATTCTACTACTGTTCTGCATTTCTCTCGTCGT...
XR_009102343.1
CTACTATTGTTTTTTATTTCTAGAGTGCCACCATCTCCACAAATCGTATTCTCAGCTGATGGTGATTTGGGTATGGCGCCTTATGGTCTCAAGAATACGATTAAGGGTATTCTACTATTGGCTTGCATTTCCCTCGTTTCACGCTCTCCACAAATCATAACCTCAGCGGATGATTTTTGTAAGGCGGCTTATGGTGCAGCGACTTCTCTCAAGAATACGGTTCTGCGTATTCTACTACTGTTCTGCATTTCTCTCGTCGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131026580
ATGAATGCTTCATCTAGAGATGAAGCACCTATGCTGCCAGCTGCATATTTACAGTCCGATAATGGCAATGGCTCTCCGAGAAGGGGCCTTACTCCTAGGACGAGGAGCGTGTCAATGTCCTTTGCTATTGAGTCACCGCATTCATCTGAATACCAGCAAAACCTAGTTGGTTTCACCGGCCCTTTGAGGAGTGCAAGGCGAAATCCTCAAGCACAAATGAGCGGTCCGTTGTATCCTAACCGCAACAATGAGTTTGTCTT...
LOC131026580
ATGAATGCTTCATCTAGAGATGAAGCACCTATGCTGCCAGCTGCATATTTACAGTCCGATAATGGCAATGGCTCTCCGAGAAGGGGCCTTACTCCTAGGACGAGGAGCGTGTCAATGTCCTTTGCTATTGAGTCACCGCATTCATCTGAATACCAGCAAAACCTAGTTGGTTTCACCGGCCCTTTGAGGAGTGCAAGGCGAAATCCTCAAGCACAAATGAGCGGTCCGTTGTATCCTAACCGCAACAATGAGTTTGTCTT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057812452.1
MDASSRDEAPMLPAAYLQSDNGNGSPRRGLTPRTRSVSMSFAIESPHSSEYQQNLVGFTGPLRSARRNPQAQMSGPLYPNRNNEFVFKPPQTAAEPENRAKNSDRDYVGRNEHLLRSGQLGKCNDPYCTTCPIFYNANGQQKPSRTSEMIDAKFRNMLYGDAQCWAKRMFLFLLSYIPGVMNPHAKLVQWWNKFFVISCMIAAFLDPLFFFLLFVQKDNKCIELNWPKTKAFLILRTMTDCVYFLHILLQFRLAYVAPES...
XP_057812453.1
MNASSRDEAPMLPAAYLQSDNGNGSPRRGLTPRTRSVSMSFAIESPHSSEYQQNLVGFTGPLRSARRNPQAQMSGPLYPNRNNEFVFKPPQTAAEPENRAKNGDRDYVGRNEHLLRSGQLGKCNDPYCTTCPIFYNANGQQKPSRTSEMIDAKFRNMLYGDAQCWAKRMFLFLLSYIPGVMNPHAKLVQWWNKFFVISCMIAAFLDPLFFFLLFVQKDNKCIELNWPKTKAFLILRTMTDCVYFLHILLQFRLAYVAPES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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