当前解析结果
SmilChr05G000146| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000146 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000146 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP12-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 1188983 - 1190697 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130984927 |
|---|---|
| GeneID | 130984927 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130984927 |
| 原始查询 | SmilChr05G000146 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP12-like |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP12-like |
| Arabidopsis | AT5G64350 (FKBP12)FK506-binding protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836556] identity=74.1; qcov=0.933; evalue=4.09e-61; confidence=high |
| Rice | Os02g0760300 (OsFKBP12)- identity=71.4; qcov=0.933; evalue=8.74e-59; confidence=high |
| GO | GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130984927 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057763623.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057763623.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057763623.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057763623.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763623.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:1189101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr5:1189137 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,C14,C86 |
Chr5:1189146 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B41 |
Chr5:1189146 |
C |
CTT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:1189149 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B41 |
Chr5:1189149 |
GAA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:1190253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:1190256 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B78,B99,C8,C87 |
Chr5:1190256 |
G |
GCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B78,B99,C8,C87 |
Chr5:1190482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:1190539 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B56 |
Chr5:1190549 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B52,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763623.1PF00254
FKBP_C 23-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763623.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 23 | 117 | 3.9e-27 | 95.1 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。