Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000151

染色体: Chr05 坐标: 1223642-1226758 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000151
名称SmilChr05G000151
描述late blight resistance protein R1-A-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1223642 - 1226758 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026600
GeneID131026600
locus_tag-
NCBI NameLOC131026600
原始查询SmilChr05G000151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述late blight resistance protein R1-A-like
产物late blight resistance protein R1-A-like
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=24.9; qcov=1.01; evalue=9.03e-36; confidence=weak
RiceOs08g0424700 (P0456B03.103)
-
identity=25; qcov=0.837; evalue=2.27e-36; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026600

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057812493.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057812493.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057812493.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812493.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812493.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812493.1
860 aa
N
1
430
860
NB-ARC
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 159-319 aa PF23598 LRR_14 547-816 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812493.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 159 319 5.1e-29 101.8 NB-ARC domain
XP_057812493.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 547 816 6.3e-12 45.6 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956510.1
ACTCATTTTATCAATTGCACCTTCAAAATCCTTATCCTCCCATCGCCTACCGCCGTTGCCAATTTCTTCACCTTCTACCACCACCACCACCACCACCACCACAAACTCATATTTCAATCAAGTTATGGCTGCTTATGGTGCAGCGGCTTCTCTCAAGAATACGATTCAGCGTATTCTACAATCGTCTCGCATTTCTCTCGTTTCCCACTCTCCACAAATATTGCAACCTGCCTACGACCAGATGTGTCGATTGCAGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026600
ATGGCTGCTTATGGTGCAGCGGCTTCTCTCAAGAATACGATTCAGCGTATTCTACAATCGTCTCGCATTTCTCTCGTTTCCCACTCTCCACAAATATTGCAACCTGCCTACGACCAGATGTGTCGATTGCAGAAAGTTCTGCGATTATTGGACAAGACCAGCTGCAGCAATATCAGGACGGAGGTGAATGCTGCGGATGAACTCATCAAAGAGGCAGTTTGGGAGTTTGAAGATTTACTTGAATCCCATGTCTTACATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812493.1
MAAYGAAASLKNTIQRILQSSRISLVSHSPQILQPAYDQMCRLQKVLRLLDKTSCSNIRTEVNAADELIKEAVWEFEDLLESHVLHQILPQLESERDNLSFFVDLQSLQHSVDCFVKMVKMMEFEYFIEMSNMPEEEGEPISSRIDFGGINSKMVGLSDEFEKARDYLLEGNNDNNYSIVGMAGVGKTTLAKHIFEDSSIRSHFELRAWVKVGRKCEFNQLLRCILAQVVAQRDDDDEAELVGILKERLSGKNCLIVLDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器