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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000176

染色体: Chr05 坐标: 1385299-1389055 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000176
名称SmilChr05G000176
描述2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1385299 - 1389055 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026648
GeneID131026648
locus_tag-
NCBI NameLOC131026648
原始查询SmilChr05G000176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
产物2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19-like
ArabidopsisAT2G36690 (AT2G36690)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818241]
identity=35.9; qcov=1.02; evalue=3.86e-74; confidence=medium
RiceOs08g0480200 (2ODD19)
-
identity=43.1; qcov=0.954; evalue=2.31e-92; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057812547.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812547.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812547.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812547.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812547.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1385470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:1385500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B129,B81,D8
Chr5:1385548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:1385568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:1385572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:1385623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B31
Chr5:1385626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr5:1386197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B122
Chr5:1386290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:1386309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr5:1386314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:1386404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812547.1
348 aa
N
1
174
348
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 43-151 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 199-292 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812547.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 43 151 5.5e-26 92.2 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057812547.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 199 292 9.7e-30 103.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956564.1
TGTACGGTAGATCTGGTTGAACCCAAATTTTTGTGTTTAATTAATAATAAATAGGCTATTAAAATCTCTCTTCACACACACACACATACTCACAGAGGTGAGAAAGATGGCAGCACGAAGCATTTGCTGCGTGAAGCAGCTTGCAGAATCGCCTAATCTCTCTTCTATCCCCTCCAATTACGTCTACCACAGCGATGCTGCTGAAATTTCTGCTGCCAAATTCGAAGCTTCGATTCCTATCATCGATCTCTCGCTTCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026648
ATGGCAGCACGAAGCATTTGCTGCGTGAAGCAGCTTGCAGAATCGCCTAATCTCTCTTCTATCCCCTCCAATTACGTCTACCACAGCGATGCTGCTGAAATTTCTGCTGCCAAATTCGAAGCTTCGATTCCTATCATCGATCTCTCGCTTCTCGCCTCCCAAAACCCCCATCTCAAGCTCAAGGCCGTCCACGACCTCGACCAAGCCTGCCAGCAATGGGGCTTCTTCATCCTAGTAAATCACGGCGTGCCGGAAGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812547.1
MAARSICCVKQLAESPNLSSIPSNYVYHSDAAEISAAKFEASIPIIDLSLLASQNPHLKLKAVHDLDQACQQWGFFILVNHGVPEELIRGVIEAASEFFDLPEAEKPEFQPENVLSRIRYGTSFNAATDNVFCWRDFVKVFVHPHFTCPDKPQSLRKLLPEYCERGRDVVTKLSKAISESLGLEETEMATVLELSSSLQIFVANYYPRCPNPKAAMGILPHSDHGLFTLLVQNDVGGLQIQHDGRWLSVSAPANSILVNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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