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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000183

染色体: Chr05 坐标: 1464804-1467531 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000183
名称SmilChr05G000183
描述uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1464804 - 1467531 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984918
GeneID130984918
locus_tag-
NCBI NameLOC130984918
原始查询SmilChr05G000183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838157]; symbol=AT1G15870; hit=AT1G15870; species=arabidopsis; confidence=high
产物Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838157]; symbol=AT1G15870; hit=AT1G15870; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G15870 (AT1G15870)
Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838157]
identity=57.6; qcov=0.835; evalue=5.28e-79; confidence=high
RiceOs08g0439900
-
identity=39.1; qcov=1; evalue=9.19e-46; confidence=medium
GOGO:0005759 (mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF02330 (MAM33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984918

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057763601.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057763601.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763601.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763601.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763601.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1465138 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 17 A22,B13,B130,B133,B2,B44,B47,B85,C3,C40,C41,C46,C56,C7,C71,C76,C83
Chr5:1465139 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 17 A22,B13,B130,B133,B2,B44,B47,B85,C3,C40,C41,C46,C56,C7,C71,C76,C83
Chr5:1465177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:1465272 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr5:1465272 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr5:1465273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:1466897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,B98,C42,C45
Chr5:1467142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C46,C71,C8
Chr5:1467172 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B109,B131,C86,D7
Chr5:1467172 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 B109,B131,C86,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763601.1
243 aa
N
1
122
243
MAM33
C
PF02330 MAM33 69-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763601.1 Pfam PF02330 MAM33 Domain 69 240 5.1e-33 115.5 Mitochondrial glycoprotein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907618.1
GCTAGGATTTTGGGGTTTTCTTCTTTTTACCCTCTCTCTATAAATATCGTTTCAGCAGCCCTCACTCACGTTTGCTGCTCAACGCTTGATGCCGCAGACGTTGCAGATCACATCTGCTGCATCAATCTACACGAAAATGGCTCATCGTCTTGTTCGAGGATTACGAGGGGCCGCAAGAACTCTTGTCTTCCACCAACCCCCAAAACCCCTCACCCAGTTTCTGACTCAAACTAGAAATTACGTCAACGATATGCGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130984918
ATGCCGCAGACGTTGCAGATCACATCTGCTGCATCAATCTACACGAAAATGGCTCATCGTCTTGTTCGAGGATTACGAGGGGCCGCAAGAACTCTTGTCTTCCACCAACCCCCAAAACCCCTCACCCAGTTTCTGACTCAAACTAGAAATTACGTCAACGATATGCGAAAAACAGCCTTCGAGGGCAACATTGCTCGCCTCATTCGGAGCGAAATCCAGTACGAGCTCGACCATTCCCCGCCGTTTGTGCCTATATCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763601.1
MPQTLQITSAASIYTKMAHRLVRGLRGAARTLVFHQPPKPLTQFLTQTRNYVNDMRKTAFEGNIARLIRSEIQYELDHSPPFVPISEFNSFKVDELQGEQWIRLSRKFVEDEEIKIEVTMFDGSVPMKMHDDKEDVKLHVTLIVDVMKGKDGDILEFVCSGWPDGIEIRNVFTRGLGRLKGRPYMGPQFKELDDELQDSLYDFLEARGVDNELAEFLHAYMRYKDKNEYIRWMENMKTYIQKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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