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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000184

染色体: Chr05 坐标: 1486788-1488731 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000184
名称SmilChr05G000184
描述uncharacterized SmilChr05G000184
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1486788 - 1488731 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984923
GeneID130984923
locus_tag-
NCBI NameLOC130984923
原始查询SmilChr05G000184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815895]; symbol=AT2G14095; hit=AT2G14095; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815895]; symbol=AT2G14095; hit=AT2G14095; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G14095 (AT2G14095)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815895]
identity=44.4; qcov=0.663; evalue=1.51e-29; confidence=medium
RiceOs04g0450600
-
identity=35.3; qcov=0.62; evalue=1.11e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057763619.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057763618.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057763619.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057763618.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763619.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1486949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B30,C2
Chr5:1486968 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 18 A14,B11,B12,B122,B20,B26,B42,B43,B8,B85,B87,C20,C35,C5,C57,C67,C70,C87
Chr5:1486971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B66,C21
Chr5:1486988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C84
Chr5:1486989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:1487022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B67
Chr5:1487071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B77,C31,C65
Chr5:1488147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,D6
Chr5:1488232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:1488278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr5:1488279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr5:1488297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B127,B138,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907635.1
GGCGCGTAATTGGAAAGTGTTTACTTGATCTTGCTTATCAAATTTCTTATTACATGTTATTAAGTTTCCTACAAATGCTTTCTTATTTTAGTAATTTGTATAGTTTTTAGTCTTGTTTAAGCATGGCTGCAAGAATCCCATCATCCTCTCACAAACTCCAGGCTTTGGCCACTTTTCTCCGCCGGCACGGAGCCGTATCCGGTGGTTCGTGGCGGAGCAACCCGTTTGGCCGCCGCGATCCGCCGCCTTATAAGGTGGGA...
XM_057907636.1
TTGGAAAGTGTTTACTTGATCTTGCTTATCAAATTTCTTATTACATGTTATTAAGTTTCCTACAAATGCTTTCTTATTTTAGTAATTTGTATAGTTTTTAGTCTTGTTTAAGCATGGCTGCAAGAATCCCATCATCCTCTCACAAACTCCAGGCTTTGGCCACTTTTCTCCGCCGGCACGGAGCCGTATCCGGTGGTTCGTGGCGGAGCAACCCGTTTGGCCGCCGCGATCCGCCGCCTTATAAGGTGGGAGGTGTTGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130984923
ATGGCTGCAAGAATCCCATCATCCTCTCACAAACTCCAGGCTTTGGCCACTTTTCTCCGCCGGCACGGAGCCGTATCCGGTGGTTCGTGGCGGAGCAACCCGTTTGGCCGCCGCGATCCGCCGCCTTATAAGGTGGGAGGTGTTGGGCTCAGGTTGCTAAGCGACAGCTCCAAGTTGAGAACAACGGAGAGGAATCAAAGTGAAGAGAAACGGGAATTGCCAGCTCCGCCCAAGTTTGGTGTTTCAAATTGGGTGAAATG...
LOC130984923
ATGGCTGCAAGAATCCCATCATCCTCTCACAAACTCCAGGCTTTGGCCACTTTTCTCCGCCGGCACGGAGCCGTATCCGGTGGTTCGTGGCGGAGCAACCCGTTTGGCCGCCGCGATCCGCCGCCTTATAAGGTGGGAGGTGTTGGGCTCAGGTTGCTAAGCGACAGCTCCAAGTTGAGAACAACGGTGAAATGGCTTCTGGGATATGTAGTAACATTTCTGCTACCATTTTGGAAGAATAAATGGGACAATTTGCTGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763618.1
MAARIPSSSHKLQALATFLRRHGAVSGGSWRSNPFGRRDPPPYKVGGVGLRLLSDSSKLRTTERNQSEEKRELPAPPKFGVSNWVKWLLGYVVTFLLPFWKNKWDNLLTLEGEAAKVVGEVEVVAEVVEKVATAADKALEEVVNQLPDNSKLKEAAQALEHVSSVAAKDAQLIENLINKASDVKQDIEELESIVEPIVDKIMHGKHTKS
XP_057763619.1
MAARIPSSSHKLQALATFLRRHGAVSGGSWRSNPFGRRDPPPYKVGGVGLRLLSDSSKLRTTVKWLLGYVVTFLLPFWKNKWDNLLTLEGEAAKVVGEVEVVAEVVEKVATAADKALEEVVNQLPDNSKLKEAAQALEHVSSVAAKDAQLIENLINKASDVKQDIEELESIVEPIVDKIMHGKHTKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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