Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000185

染色体: Chr05 坐标: 1490659-1491054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000185
名称SmilChr05G000185
描述vegetative cell wall protein gp1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1490659 - 1491054 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024748
GeneID131024748
locus_tag-
NCBI NameLOC131024748
原始查询SmilChr05G000185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vegetative cell wall protein gp1-like
产物vegetative cell wall protein gp1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF27998 (ArabinogalactanP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057810268.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810268.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810268.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810268.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810268.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1490688 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B91,C5
Chr5:1490688 CGA C 2bp_deletion CDS_variant 2 B91,C5
Chr5:1490704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr5:1490713 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490713 T TCG 2bp_insertion CDS_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490725 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490725 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490727 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490727 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 4 B105,B91,C5,C70
Chr5:1490758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:1490782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr5:1490824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B118,B124,B31,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810268.1
131 aa
N
1
66
131
ArabinogalactanP
C
PF27998 ArabinogalactanP 4-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810268.1 Pfam PF27998 ArabinogalactanP Family 4 130 1.2e-12 48.9 Classical arabinogalactan protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954285.1
ATGGCGACTTCCAAAGTTTTCTCCGCACTGCTGATGTCTGCTCTGCTGCTAGCCTTCGCCGCGGCGCAGTCGCCTTCCGGCGCACCGTCGCCGTCGCCAGTCGTTAAATCACCGGCGCCTTCTCCGCTGGCGCAGCCGCCGAGTCACGCGAGCCCTAGCCCGGCCCCTACGACGGTCACCGCTCCTTCTCCTGCGTCCGCGTCGTCTTCTCCTTCTCCTACGGCGTTCTTCTCGCCGCCAGCTCCTCCTCCGTCGACTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024748
ATGGCGACTTCCAAAGTTTTCTCCGCACTGCTGATGTCTGCTCTGCTGCTAGCCTTCGCCGCGGCGCAGTCGCCTTCCGGCGCACCGTCGCCGTCGCCAGTCGTTAAATCACCGGCGCCTTCTCCGCTGGCGCAGCCGCCGAGTCACGCGAGCCCTAGCCCGGCCCCTACGACGGTCACCGCTCCTTCTCCTGCGTCCGCGTCGTCTTCTCCTTCTCCTACGGCGTTCTTCTCGCCGCCAGCTCCTCCTCCGTCGACTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810268.1
MATSKVFSALLMSALLLAFAAAQSPSGAPSPSPVVKSPAPSPLAQPPSHASPSPAPTTVTAPSPASASSSPSPTAFFSPPAPPPSTTSPSPSVSAPPTAGGAPLPSANGAVINGAGLAAAAVGFFAVILVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器