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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000201

染色体: Chr05 坐标: 1602192-1604936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000201
名称SmilChr05G000201
描述B3 domain-containing protein At5g18090-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1602192 - 1604936 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984914
GeneID130984914
locus_tag-
NCBI NameLOC130984914
原始查询SmilChr05G000201

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B3 domain-containing protein At5g18090-like
产物B3 domain-containing protein At5g18090-like
ArabidopsisAT4G34400 (AT4G34400)
AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829590]
identity=42.4; qcov=0.345; evalue=3.59e-17; confidence=low
RiceOs03g0621650
-
identity=30.4; qcov=0.554; evalue=1.45e-14; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763596.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763596.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763596.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763596.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057763596.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1602383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C2
Chr5:1602793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C62
Chr5:1602825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:1602853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr5:1603937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:1604040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B15,D9
Chr5:1604124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B15,B64,D11,D9
Chr5:1604140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B33,C2
Chr5:1604345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763596.1
272 aa
N
1
136
272
B3
B3
C
PF02362 B3 31-122 aa PF02362 B3 181-266 aa
XP_057763597.1
267 aa
N
1
134
267
B3
B3
C
PF02362 B3 31-122 aa PF02362 B3 176-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763596.1 Pfam PF02362 B3 Domain 31 122 1.9e-31 108.7 B3 DNA binding domain
XP_057763596.1 Pfam PF02362 B3 Domain 181 266 1.9e-31 108.7 B3 DNA binding domain
XP_057763597.1 Pfam PF02362 B3 Domain 31 122 1.8e-31 108.8 B3 DNA binding domain
XP_057763597.1 Pfam PF02362 B3 Domain 176 261 1.8e-31 108.8 B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907614.1
AATTATTCCAAAAAATAAAAGGTAAAAAACCCACATAAAAAAAAAGTCGAAAAGAGGAGTAGAGTCATAAAAAGGTTTTAAGCGAAGTGATGATGAAACGCAAGCGAGGCCGTCCCAGAAAGATTCATTCCAATAATCTAGATGAAGAAATAGTGAATGGAAATGATAATTTACCAGAGTTCTTCAAGATTTACATGTCAGCTTTGAGTTCCAAATTGCTGAGAATTCCTCCTGATTTTATTGAGAAATTTGGTGGGAAT...
XM_057907613.1
AATTATTCCAAAAAATAAAAGGTAAAAAACCCACATAAAAAAAAAGTCGAAAAGAGGAGTAGAGTCATAAAAAGGTTTTAAGCGAAGTGATGATGAAACGCAAGCGAGGCCGTCCCAGAAAGATTCATTCCAATAATCTAGATGAAGAAATAGTGAATGGAAATGATAATTTACCAGAGTTCTTCAAGATTTACATGTCAGCTTTGAGTTCCAAATTGCTGAGAATTCCTCCTGATTTTATTGAGAAATTTGGTGGGAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130984914
ATGATGAAACGCAAGCGAGGCCGTCCCAGAAAGATTCATTCCAATAATCTAGATGAAGAAATAGTGAATGGAAATGATAATTTACCAGAGTTCTTCAAGATTTACATGTCAGCTTTGAGTTCCAAATTGCTGAGAATTCCTCCTGATTTTATTGAGAAATTTGGTGGGAATATTCCCACCACGTGTACCATAGAGAGGCAGCCACGTGGAGTCTCTTGGCAAGTTGAGCTCAATAGGGTGAATGATGGATGGTTTTTCCA...
LOC130984914
ATGATGAAACGCAAGCGAGGCCGTCCCAGAAAGATTCATTCCAATAATCTAGATGAAGAAATAGTGAATGGAAATGATAATTTACCAGAGTTCTTCAAGATTTACATGTCAGCTTTGAGTTCCAAATTGCTGAGAATTCCTCCTGATTTTATTGAGAAATTTGGTGGGAATATTCCCACCACGTGTACCATAGAGAGGCAGCCACGTGGAGTCTCTTGGCAAGTTGAGCTCAATAGGGTGAATGATGGATGGTTTTTCCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763596.1
MMKRKRGRPRKIHSNNLDEEIVNGNDNLPEFFKIYMSALSSKLLRIPPDFIEKFGGNIPTTCTIERQPRGVSWQVELNRVNDGWFFQKGWPNFVEDNLLREGDFLTFCYHGKSLFYVKIFSPNGCEKEGASSSRLDESSPSVKICADTYETKRKHRRRISSRWGSSVAYINGNPSFSIVLMKTHIKSRAMCIPTPFWSAHMKTIITSRKEATLWVENKAWNVGIVYYDNKVLFQKGCAQFFKDNSIKVGTSCTFQLIDPD...
XP_057763597.1
MMKRKRGRPRKIHSNNLDEEIVNGNDNLPEFFKIYMSALSSKLLRIPPDFIEKFGGNIPTTCTIERQPRGVSWQVELNRVNDGWFFQKGWPNFVEDNLLREGDFLTFCYHGKSLFYVKIFSPNGCEKEGASSSRLDESSPSDTYETKRKHRRRISSRWGSSVAYINGNPSFSIVLMKTHIKSRAMCIPTPFWSAHMKTIITSRKEATLWVENKAWNVGIVYYDNKVLFQKGCAQFFKDNSIKVGTSCTFQLIDPDQFSFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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