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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000228

染色体: Chr05 坐标: 1779950-1782989 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000228
名称SmilChr05G000228
描述myosin-binding protein 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1779950 - 1782989 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984953
GeneID130984953
locus_tag-
NCBI NameLOC130984953
原始查询SmilChr05G000228

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-binding protein 1-like
产物myosin-binding protein 1-like
ArabidopsisAT1G08800 (AT1G08800)
myosin-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837402]
identity=41.5; qcov=0.604; evalue=1.78e-65; confidence=medium
RiceOs10g0414800 (SIP8)
-
identity=35.9; qcov=0.563; evalue=9.43e-37; confidence=medium
GOGO:0017022 (myosin binding)
KEGG-
PfamPF04576 (Zein-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984953

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057763635.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057763635.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057763635.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057763635.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763635.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1780483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr5:1780590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B140,D7
Chr5:1780619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,A2
Chr5:1780634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr5:1780683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,A6,B13,B35
Chr5:1780708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D11
Chr5:1780905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C65
Chr5:1780921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:1780922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B89,B9,D10
Chr5:1781162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B128,B81,C65,C9
Chr5:1781225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:1781309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B131,B77,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763635.1
623 aa
N
1
312
623
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 363-450 aa
XP_057763636.1
623 aa
N
1
312
623
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 363-450 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763635.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 363 450 2.4e-27 95.8 Zein-binding
XP_057763636.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 363 450 2.4e-27 95.8 Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907653.1
CAAAATGCTTACTTTAGAGGAACCCTCATCTCTAAATACTATATTCCTATTAGAATTTTTCAAACACCATACTGTTACATCCCCACCACCACTTTCTTATTTGTGTATATGTAGTGTTGGGATATAAGTTTATTTCACTTTTTTTTTTGTCTGAATCTTGCTTTGTTTTGTTCTTACTTCTTACAGTTGAGCTTTTCTTGCGATCAGGGTTTTTGAGGAAATGGACTTAAGGCGAAGTTGGGGCAATGAATCTGGACATA...
XM_057907652.1
AGAGGAACCCTCATCTCTAAATACTATATTCCTATTAGAATTTTTCAAACACCATACTGTTACATCCCCACCACCACTTTCTTATTTGTGTATATGTAGTGTTGGGATATAAGTTTATTTCACTTTTTTTTTTGTCTGAATCTTGCTTTGTTTTGTTCTTACTTCTTACAGTTGAGCTTTTCTTGCGATCAGGGTTTTTGAGGAAATGGACTTAAGGCGAAGTTGGGGCAATGAATCTGGACATAGGGTTTCTCTCAGTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130984953
ATGGACTTAAGGCGAAGTTGGGGCAATGAATCTGGACATAGGGTTTCTCTCAGTATTGCTTCAGCTTTAGTTTCAGCAGTTCTTGAATGGATGCTTATGTTTATGCTCTTTGTTGATGCTAGTTTTGCCTATTTTGTTACAAGATTCGCCCGCCATTACCAACTTCGAGCACCATGTTTGTTGTGCTCGAGATTGGATCATGTTTTGGGAGATGAGAGAGATAGTTTTTACTGGGATTTGATTTGCAATGAGCACAAGTC...
LOC130984953
ATGGACTTAAGGCGAAGTTGGGGCAATGAATCTGGACATAGGGTTTCTCTCAGTATTGCTTCAGCTTTAGTTTCAGCAGTTCTTGAATGGATGCTTATGTTTATGCTCTTTGTTGATGCTAGTTTTGCCTATTTTGTTACAAGATTCGCCCGCCATTACCAACTTCGAGCACCATGTTTGTTGTGCTCGAGATTGGATCATGTTTTGGGAGATGAGAGAGATAGTTTTTACTGGGATTTGATTTGCAATGAGCACAAGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763635.1
MDLRRSWGNESGHRVSLSIASALVSAVLEWMLMFMLFVDASFAYFVTRFARHYQLRAPCLLCSRLDHVLGDERDSFYWDLICNEHKSKLASLALCQLQNPRVGSERSSSQLDQMPHVGYSQIRDNSDSESESPFSDTQSHEMETPVAKFVFAELSHHNVGSEAPIGLGGDSKDVAGPSDLIDFSCVDPSPNPDGARPVDPKQTNVDVECGETSNQGVDSTGTDELWKEVKTDQESNLIPPVEIQMDLKSNKTGSLDLGDA...
XP_057763636.1
MDLRRSWGNESGHRVSLSIASALVSAVLEWMLMFMLFVDASFAYFVTRFARHYQLRAPCLLCSRLDHVLGDERDSFYWDLICNEHKSKLASLALCQLQNPRVGSERSSSQLDQMPHVGYSQIRDNSDSESESPFSDTQSHEMETPVAKFVFAELSHHNVGSEAPIGLGGDSKDVAGPSDLIDFSCVDPSPNPDGARPVDPKQTNVDVECGETSNQGVDSTGTDELWKEVKTDQESNLIPPVEIQMDLKSNKTGSLDLGDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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