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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000236

染色体: Chr05 坐标: 1819957-1825488 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000236
名称SmilChr05G000236
描述uncharacterized SmilChr05G000236
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1819957 - 1825488 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984956
GeneID130984956
locus_tag-
NCBI NameLOC130984956
原始查询SmilChr05G000236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=high
产物ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G04710 (TPR10)
ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]
identity=67.2; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0103600
-
identity=62.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF25575 (TPR_BSK1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057763640.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057763640.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763640.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763640.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1820129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C43
Chr5:1820148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr5:1820278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B81,C11,C50,C69
Chr5:1820294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr5:1820526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,D11
Chr5:1820558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr5:1820616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B12,B80,B95
Chr5:1820635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B63,C17,C55
Chr5:1820678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A4,B15,B68,B78
Chr5:1820679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:1820828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C48
Chr5:1821578 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 C27,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763640.1
460 aa
N
1
230
460
Ank_2
Ank_5
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank
TPR_BSK1_C
C
PF12796 Ank_2 20-117 aa PF13857 Ank_5 52-96 aa PF13606 Ank_3 56-83 aa PF00023 Ank 58-86 aa PF13637 Ank_4 59-109 aa PF13606 Ank_3 88-116 aa PF00023 Ank 88-117 aa PF13637 Ank_4 96-142 aa PF12796 Ank_2 121-183 aa PF00023 Ank 122-151 aa PF00023 Ank 156-184 aa PF13637 Ank_4 158-207 aa PF12796 Ank_2 178-249 aa PF00023 Ank 187-215 aa PF13606 Ank_3 219-247 aa PF00023 Ank 219-249 aa PF25575 TPR_BSK1_C 316-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763640.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 20 117 3e-47 159.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057763640.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 52 96 5.8e-28 97.4 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057763640.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 56 83 3.3e-35 116.4 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 58 86 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 59 109 5.7e-42 141.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057763640.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 88 116 3.3e-35 116.4 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 88 117 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 96 142 5.7e-42 141.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057763640.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 121 183 3e-47 159.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 122 151 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 156 184 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 158 207 5.7e-42 141.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057763640.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 178 249 3e-47 159.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 187 215 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 219 247 3.3e-35 116.4 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 219 249 1.6e-43 144.9 Ankyrin repeat
XP_057763640.1 Pfam PF25575 TPR_BSK1_C Repeat 316 405 6e-16 59.1 Serine/threonine-protein kinase BSK1-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907657.1
CTACAAAACCCTGCTGCAACGTTTCCTGCCTCCTTCAAACACTGCTTTACTTTGCTCTTACTGTTGAAGACTTGAACTCAAATTTCTACATCTTTCTTCTCTCATTCTCTTTCCATAACCCAGAATTAGATAGATAGATTCATAGAGAGTGATAAAAAGATAAATTCATGGCGCCTGATGCTTCTGCTGCTCTAGCTGTGAGGGAAAAAGTTCAACAGTTCCTGAATGCCGCACAGACTGGAAATTTAGACCTCCTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130984956
ATGGCGCCTGATGCTTCTGCTGCTCTAGCTGTGAGGGAAAAAGTTCAACAGTTCCTGAATGCCGCACAGACTGGAAATTTAGACCTCCTCAAAAAATTGGCGAAGCAGCTCGATGATGGAAAGGGGCTAGCGCAAACGGTAGTAGATGTTAAGGATGCCAACCAGAGAGGGGCTCTGCATTTTGCTGCCAGGGAAGGACAGGCTGAGGTTTGCAAGTATTTGTTGGAAGAGTTGAAGATGGATGTTAATACGCAGGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763640.1
MAPDASAALAVREKVQQFLNAAQTGNLDLLKKLAKQLDDGKGLAQTVVDVKDANQRGALHFAAREGQAEVCKYLLEELKMDVNTQDEDGDTPLTHAARQGHTALAKYLVDHGADPSIPSGLGTTALHHSAGTGDIELLKFLLSKDINVDSQSDAGTPLIWAAGHGQQDAVKVLLEHNANPDAKTDDDITPLLSAVAAGSLACLELLIKAGATVNFTAGGATPLHIAADIGSPEIINCLLQAGADPNAIDEDGWKPAQVAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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