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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000249

染色体: Chr05 坐标: 1899138-1903937 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000249
名称SmilChr05G000249
描述uncharacterized SmilChr05G000249
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1899138 - 1903937 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984975
GeneID130984975
locus_tag-
NCBI NameLOC130984975
原始查询SmilChr05G000249

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838148]; symbol=AT1G15790; hit=AT1G15790; species=arabidopsis; confidence=medium
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838148]; symbol=AT1G15790; hit=AT1G15790; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G15790 (AT1G15790)
mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838148]
identity=40.5; qcov=0.925; evalue=2.19e-36; confidence=medium
RiceOs08g0564800 (OsMED15_2)
-
identity=52.4; qcov=0.561; evalue=3.23e-27; confidence=medium
GOGO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0031490 (chromatin DNA binding)
KEGG-
PfamPF16987 (KIX_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763668.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057763668.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763668.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763668.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763668.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1899498 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 6 A11,B113,B48,C39,C52,C7
Chr5:1900235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:1902222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B33,C23,C8
Chr5:1902430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:1903493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B132,B55,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763668.1
208 aa
N
1
104
208
KIX_2
KIX_2
C
PF16987 KIX_2 22-97 aa PF16987 KIX_2 126-202 aa
XP_057763669.1
208 aa
N
1
104
208
KIX_2
KIX_2
C
PF16987 KIX_2 22-97 aa PF16987 KIX_2 126-202 aa
XP_057763670.1
208 aa
N
1
104
208
KIX_2
KIX_2
C
PF16987 KIX_2 22-97 aa PF16987 KIX_2 126-202 aa
XP_057763671.1
192 aa
N
1
96
192
KIX_2
KIX_2
C
PF16987 KIX_2 22-97 aa PF16987 KIX_2 126-181 aa
XP_057763672.1
187 aa
N
1
94
187
KIX_2
KIX_2
C
PF16987 KIX_2 22-97 aa PF16987 KIX_2 126-186 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763668.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 22 97 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763668.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 126 202 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763669.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 22 97 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763669.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 126 202 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763670.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 22 97 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763670.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 126 202 2.5e-58 194.7 KIX domain
XP_057763671.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 22 97 1.1e-46 157.4 KIX domain
XP_057763671.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 126 181 1.1e-46 157.4 KIX domain
XP_057763672.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 22 97 5.8e-48 161.4 KIX domain
XP_057763672.1 Pfam PF16987 KIX_2 Domain 126 186 5.8e-48 161.4 KIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907686.1
AGCCTCATCATTTTTATTTGATTTATCATTGTATTTCACCACAACCGACGATTCGAGATGATTAATGCATATTGATCAGAAAATCGACGGTTATTAATTATTACTTAATCAGTTAATCTTCTCTCCCAACCTACATTTCTCCATATTGTTCATCGCCTCTTCTCTCAATCCCTCAGGCAGCTGAAAATGCCAGGCTTTAATTGGAGGGAATGCCAAGGCGAGGTTCCGGTTCCCGGCCAGGCCACCGGCGGCGGATGGAG...
XM_057907688.1
TTTATCATTGTATTTCACCACAACCGACGATTCGAGATGATTAATGCATATTGATCAGAAAATCGACGGTTATTAATTATTACTTAATCAGTTAATCTTCTCTCCCAACCTACATTTCTCCATATTGTTCATCGCCTCTTCTCTCAATCCCTCAGGCAGCTGAAAATGCCAGGCTTTAATTGGAGGGAATGCCAAGGCGAGGTTCCGGTTCCCGGCCAGGCCACCGGCGGCGGATGGAGGACTCAGCTACCTCCGGGTTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130984975
ATGCCAGGCTTTAATTGGAGGGAATGCCAAGGCGAGGTTCCGGTTCCCGGCCAGGCCACCGGCGGCGGATGGAGGACTCAGCTACCTCCGGGTTCCAGGCATAGAATCGTAGACAAGATATTAGAGATATTGAAGAACCATCTTCCCTTCTCTGAAGAAGAGGAATTACAGGATCTTGAAGAAACTGCTCTCAGGTTTGAGGAAAGTATTTTTACTACGGCAACAAGCCAGTCAGATTATTTAAGAAAAATATCTTTGAA...
LOC130984975
ATGCCAGGCTTTAATTGGAGGGAATGCCAAGGCGAGGTTCCGGTTCCCGGCCAGGCCACCGGCGGCGGATGGAGGACTCAGCTACCTCCGGGTTCCAGGCATAGAATCGTAGACAAGATATTAGAGATATTGAAGAACCATCTTCCCTTCTCTGAAGAAGAGGAATTACAGGATCTTGAAGAAACTGCTCTCAGGTTTGAGGAAAGTATTTTTACTACGGCAACAAGCCAGTCAGATTATTTAAGAAAAATATCTTTGAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057763668.1
MPGFNWRECQGEVPVPGQATGGGWRTQLPPGSRHRIVDKILEILKNHLPFSEEEELQDLEETALRFEESIFTTATSQSDYLRKISLKMLGIEMKSHNLMLNYLQSNAASASTNFQDPEVAASMQVSDWRSQLHPNSRTRIVNKIVETLKMYLPLSGLEGALEIERIAVRFEEKIHSTATSQSDYLRKISLKMLTIETRSQNNPIALLS
XP_057763669.1
MPGFNWRECQGEVPVPGQATGGGWRTQLPPGSRHRIVDKILEILKNHLPFSEEEELQDLEETALRFEESIFTTATSQSDYLRKISLKMLGIEMKSHNLMLNYLQSNAASASTNFQDPEVAASMQVSDWRSQLHPNSRTRIVNKIVETLKMYLPLSGLEGALEIERIAVRFEEKIHSTATSQSDYLRKISLKMLTIETRSQNNPIALLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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