Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000266

染色体: Chr05 坐标: 2013377-2019498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000266
名称SmilChr05G000266
描述serine/threonine-protein kinase Nek2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2013377 - 2019498 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984987
GeneID130984987
locus_tag-
NCBI NameLOC130984987
原始查询SmilChr05G000266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase Nek2
产物serine/threonine-protein kinase Nek2
ArabidopsisAT3G04810 (NEK2)
NIMA-related kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819641]
identity=59.3; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0604700 (OsNek2)
-
identity=59.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057763688.1
2 Centrosome 中心体 0.80000 XP_057763688.1
3 Spindle Spindle 0.80000 XP_057763688.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057763688.1
5 Midbody Midbody 0.80000 XP_057763688.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2013601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,D10
Chr5:2013652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr5:2013799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:2013821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:2013904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:2014063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C42
Chr5:2014160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:2014587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C69,C74
Chr5:2014725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B106,B55,C15,C52
Chr5:2014840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:2014867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr5:2014950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763688.1
627 aa
N
1
314
627
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763688.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 7.2e-63 213.2 Protein kinase domain
XP_057763688.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 2.3e-38 132.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907705.1
AAGTAATCTCTCTCTCTCCATTTTGTCTGCTTCTGCATCACTATTAAACTTGTCGCTTTTGATAATATTATATTCTCTCTACATTGTGTGTTGTGTGTGTTGTTGGGAGCAGAAAACAGTGAACAGTGGTGATGCACTCTGAATCTGTGATGGAGGAAGGAAGAAGGAAACCACCTGCTTAATTCCTGCGCATATATCGCCACCATTGCAGCGCCGTCGCTTTAACTGTAGCTGATGTCAGAGTACTAGCTTCCTGCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130984987
ATGGACAAGTATGAAGTACTGGAACAGATCGGCAAGGGCGCTTTTGGTTCTGCACTTCTTGTGAGGCATAAGCAGGAAAAGAAGAAGTATGTGTTAAAGAAGATTCGTCTTGCCCGCCAAACCAACAGGACACGGCGGTCTGCACATCAGGAGATGGCACTTATATCCAGCATGCAAAATCCATTTATAGTGGAGTACAAAGATTCATGGGTGGAGAAGGGTTGCTATGTTTGCATTGTCATAGGTTACTGTGAAGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763688.1
MDKYEVLEQIGKGAFGSALLVRHKQEKKKYVLKKIRLARQTNRTRRSAHQEMALISSMQNPFIVEYKDSWVEKGCYVCIVIGYCEGGDMAEAIKKANGVHLPEEKLCRWLVQLLIALDYLHMSHILHRDVKCSNIFLTKDQDIRLGDFGLAKMLSSDELASSIVGTPSYMCPELLADIPYGSKSDVWSLGCCMYEMTSLKPAFKAFDMQALINKINKSIVAPLPAKYSGAFRGLVKSMLRKNPELRPSAAELLRHQHLQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器