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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000299

染色体: Chr05 坐标: 2280310-2282922 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000299
名称SmilChr05G000299
描述HVA22-like protein f
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2280310 - 2282922 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985023
GeneID130985023
locus_tag-
NCBI NameLOC130985023
原始查询SmilChr05G000299

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HVA22-like protein f
产物HVA22-like protein f
ArabidopsisAT2G42820 (HVA22F)
HVA22-like protein F [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818882]
identity=65.8; qcov=1.01; evalue=9.06e-80; confidence=high
RiceOs01g0728150
-
identity=74.7; qcov=0.987; evalue=4.55e-87; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03134 (TB2_DP1_HVA22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057763752.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057763752.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763752.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763752.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2280904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr5:2281688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B28
Chr5:2281791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B48,C33,C74,C78
Chr5:2282663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763752.1
156 aa
N
1
78
156
TB2_DP1_HVA22
C
PF03134 TB2_DP1_HVA22 24-100 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763752.1 Pfam PF03134 TB2_DP1_HVA22 Family 24 100 6.9e-29 100.3 TB2/DP1, HVA22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907769.1
CTTCAAACAGTTGCAACATATCTTTCCTAACTTTTATCAATCAATTAAAAAAGAAAACAATCTCAGTATTCTTACAGACATGGGTTTTCTTGGAGCCCTTGCAAGAAACTTGGATGCTCTTCTCGGGCCTGGAGTAATGCTTCTATATCCCTTATATGCATCCATGAGAGCTATTGAGAGCCCATCACCCTTAGATGATCAACAATGGCTGACATATTGGGTTCTCTACTCCTTCCTAACATTGTTCGAGCTCTCATGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985023
ATGGGTTTTCTTGGAGCCCTTGCAAGAAACTTGGATGCTCTTCTCGGGCCTGGAGTAATGCTTCTATATCCCTTATATGCATCCATGAGAGCTATTGAGAGCCCATCACCCTTAGATGATCAACAATGGCTGACATATTGGGTTCTCTACTCCTTCCTAACATTGTTCGAGCTCTCATGTTGGAAGATCCTTCAATGGCTTCCTTTCTGGCCGTACATGAAGCTTATATTCTGCTTGTGGCTGGTTCTCCCCATCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763752.1
MGFLGALARNLDALLGPGVMLLYPLYASMRAIESPSPLDDQQWLTYWVLYSFLTLFELSCWKILQWLPFWPYMKLIFCLWLVLPIFNGAAYIYENFVRRYVKVGSYVSSNLPEGQRKVLQMMSLDARKSVERYIDKYGPEAFDRVVKAAEREAKKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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