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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000321

染色体: Chr05 坐标: 2403088-2410087 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000321
名称SmilChr05G000321
描述glutamate--cysteine ligase, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2403088 - 2410087 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985041
GeneID130985041
locus_tag-
NCBI NameLOC130985041
原始查询SmilChr05G000321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutamate--cysteine ligase, chloroplastic-like
产物glutamate--cysteine ligase%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G23100 (GSH1)
glutamate-cysteine ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828409]
identity=76.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0129000 (OsECS)
-
identity=80; qcov=0.856; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004357 (glutamate-cysteine ligase activity); GO:0006750 (glutathione biosynthetic process); GO:0042398 (modified amino acid biosynthetic process)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00340 (Histidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04107 (GCS2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057763781.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057763781.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057763781.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763781.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763781.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2404785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:2405212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B7,B93,D7
Chr5:2405213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,B35
Chr5:2405216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr5:2405247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:2406148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B26,B28
Chr5:2409002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B7,D7
Chr5:2409095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:2409098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr5:2409148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B64,B80
Chr5:2409189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B91
Chr5:2409209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763781.1
526 aa
N
1
263
526
GCS2
C
PF04107 GCS2 113-517 aa
XP_057763782.1
526 aa
N
1
263
526
GCS2
C
PF04107 GCS2 113-517 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763781.1 Pfam PF04107 GCS2 Family 113 517 7.8e-108 361.8 Glutamate-cysteine ligase family 2(GCS2)
XP_057763782.1 Pfam PF04107 GCS2 Family 113 517 7.8e-108 361.8 Glutamate-cysteine ligase family 2(GCS2)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088863.1
TGTGGTCATAGTTTCTTCACTCTTCATCAGCTCATAAAGAAAAAAAGAGAAAGTTGATTTCTCTTTTCTTTTTTCGAGTGCAGGGAATGTTGGTCTTCAGTTCTTGACGTTCACGCGAATCACTCCTCTCCTCTCCACTCTTCAAATTTTAGATTTGCCGCAGATACAAACAATTGTTGGCTCTGCACCTGCCAGCCATGACGTTGATGTCCCATCCTGTTTCATCTCGTAGCATTCATTCTGAGGTTATACAGTGTAAA...
XM_057907798.1
CAGAAATGTGGTCATAGTTTCTTCACTCTTCATCAGCTCATAAAGAAAAAAAGAGAAAGTTGATTTCTCTTTTCTTTTTTCGAGTGCAGGGAATGTTGGTCTTCAGTTCTTGACGTTCACGCGAATCACTCCTCTCCTCTCCACTCTTCAAATTTTAGATTTGCCGCAGATACAAACAATTGTTGGCTCTGCACCTGCCAGCCATGACGTTGATGTCCCATCCTGTTTCATCTCGTAGCATTCATTCTGAGGTTATACAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985041
ATGACGTTGATGTCCCATCCTGTTTCATCTCGTAGCATTCATTCTGAGGTTATACAGTGTAAAACTAGGCACAATGGAGTTAATACCTTTGCCAACAGAGTTGACTCCGCCAGAAGAAAGGAAACGTTTTTATGTCTGCGGTCCTCTTTGTGGAGTTCCCTGAAGGTGAAACCTAGCTCGTGCTCAGCTGGCACTGGGGTGGGAAGGAGGCTACGGCGCCATGTAATTGTTGGTGCTAGTCCTCCTACAGAAGACGCTGT...
LOC130985041
ATGACGTTGATGTCCCATCCTGTTTCATCTCGTAGCATTCATTCTGAGGTTATACAGTGTAAAACTAGGCACAATGGAGTTAATACCTTTGCCAACAGAGTTGACTCCGCCAGAAGAAAGGAAACGTTTTTATGTCTGCGGTCCTCTTTGTGGAGTTCCCTGAAGGTGAAACCTAGCTCGTGCTCAGCTGGCACTGGGGTGGGAAGGAGGCTACGGCGCCATGTAATTGTTGGTGCTAGTCCTCCTACAGAAGACGCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763781.1
MTLMSHPVSSRSIHSEVIQCKTRHNGVNTFANRVDSARRKETFLCLRSSLWSSLKVKPSSCSAGTGVGRRLRRHVIVGASPPTEDAVISTEPLTKEDLVGYLASGCKPKENWRIGTEHEKFGFEIGTLNPMKYEQIAELLNVISERFDWDKIMEGENIIGLKQDKQSISLEPGGQFELSGAPLETLHQTCAEVNSHLYQVKAVAEEMGIGFLGIGFQPKWRREDIPIMPKGRYVIMKNYMPKVGSLGLDMMFRTCTVQVN...
XP_057763782.1
MTLMSHPVSSRSIHSEVIQCKTRHNGVNTFANRVDSARRKETFLCLRSSLWSSLKVKPSSCSAGTGVGRRLRRHVIVGASPPTEDAVISTEPLTKEDLVGYLASGCKPKENWRIGTEHEKFGFEIGTLNPMKYEQIAELLNVISERFDWDKIMEGENIIGLKQDKQSISLEPGGQFELSGAPLETLHQTCAEVNSHLYQVKAVAEEMGIGFLGIGFQPKWRREDIPIMPKGRYVIMKNYMPKVGSLGLDMMFRTCTVQVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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