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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000328

染色体: Chr05 坐标: 2445796-2446990 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000328
名称SmilChr05G000328
描述uncharacterized SmilChr05G000328
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2445796 - 2446990 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024774
GeneID131024774
locus_tag-
NCBI NameLOC131024774
原始查询SmilChr05G000328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha-crystallin domain 32.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837158]; symbol=ACD32.1; hit=AT1G06460; species=arabidopsis; confidence=low
产物alpha-crystallin domain 32.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837158]; symbol=ACD32.1; hit=AT1G06460; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G06460 (ACD32.1)
alpha-crystallin domain 32.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837158]
identity=37; qcov=0.608; evalue=2.07e-06; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810296.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810296.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057810296.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810296.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2446596 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A14,A3,A8,B115,B127,B53,B60,C24,C72
Chr5:2446605 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 65 A11,A16,A25,A4,A7,B105,B107,B108,B11,B110,B114,B123,B124,B126,B13,B132,B138,B15,B16,B23,B36,B46,B47,B53,B59,B6,B62,B68,B69,B70,B73,B74,B75,B8,B82,B89,B93,B94,B98,C1,C11,C15,C22,C27,C28,C3,C34,C38,C41,C45,C50,C51,C59,C6,C63,C64,C66,C67,C69,C72,C75,C81,C83,D3,D6
Chr5:2446662 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B58
Chr5:2446662 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B58
Chr5:2446758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr5:2446767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A25,B94,C11,C69
Chr5:2446781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B68
Chr5:2446791 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B12,B5,B55,C6
Chr5:2446791 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B12,B5,B55,C6
Chr5:2446885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B32,B33,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954313.1
ATGGAGAGTCAAGCTGTGAGAAGAAGAGCGAATGTTATTGCAGCCCATCTAGCTTCTCATGAAGATATATCAGCCACTGCCACACACGTTTTCCCCATGCAACAGTCTGAACTCCGTCATCCGGGGAGATACGACAACAGGATGTACTTTGCTCGGCAAGGCTCAGATTCTCAAGGTTACCACATGAGACAGGCTATGAATGAACAGGGCAACTACGTGCAACCCAGCATGCCTTCGCAATCCACGGATTCTGGAAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024774
ATGGAGAGTCAAGCTGTGAGAAGAAGAGCGAATGTTATTGCAGCCCATCTAGCTTCTCATGAAGATATATCAGCCACTGCCACACACGTTTTCCCCATGCAACAGTCTGAACTCCGTCATCCGGGGAGATACGACAACAGGATGTACTTTGCTCGGCAAGGCTCAGATTCTCAAGGTTACCACATGAGACAGGCTATGAATGAACAGGGCAACTACGTGCAACCCAGCATGCCTTCGCAATCCACGGATTCTGGAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810296.1
MESQAVRRRANVIAAHLASHEDISATATHVFPMQQSELRHPGRYDNRMYFARQGSDSQGYHMRQAMNEQGNYVQPSMPSQSTDSGKKGSTSLDAPSYARPARVEPGFPPFRSIDASEGPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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