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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000335

染色体: Chr05 坐标: 2496943-2497439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000335
名称SmilChr05G000335
描述uncharacterized SmilChr05G000335
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2496943 - 2497439 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024775
GeneID131024775
locus_tag-
NCBI NameLOC131024775
原始查询SmilChr05G000335

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述exosome complex exonuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832625]; symbol=AT5G25500; hit=AT5G25500; species=arabidopsis; confidence=medium
产物exosome complex exonuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832625]; symbol=AT5G25500; hit=AT5G25500; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G25500 (AT5G25500)
exosome complex exonuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832625]
identity=40.6; qcov=1.21; evalue=9.01e-35; confidence=medium
RiceOs11g0207300
-
identity=30.8; qcov=1.37; evalue=1.55e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810297.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810297.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057810297.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057810297.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810297.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2496973 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B111,B127,B136,C12,C18
Chr5:2496973 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 5 B111,B127,B136,C12,C18
Chr5:2497030 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 28 A8,B10,B106,B107,B110,B124,B13,B2,B28,B42,B43,B49,B6,B60,B64,B68,C14,C30,C44,C52,C6,C60,C62,C63,C67,C7,C78,D11
Chr5:2497106 AC * 1bp_deletion CDS_variant 3 B38,B39,B82
Chr5:2497150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B131
Chr5:2497155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C83
Chr5:2497162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,B88,B95,C57
Chr5:2497201 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 28 A14,A22,A24,B109,B119,B4,B49,B53,B56,B65,B67,B72,B74,B85,B96,C19,C22,C32,C34,C36,C39,C41,C50,C59,C61,C68,C71,D11
Chr5:2497204 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 28 A14,A22,A24,B109,B119,B4,B49,B53,B56,B65,B67,B72,B74,B85,B96,C19,C22,C32,C34,C36,C39,C41,C50,C59,C61,C68,C71,D11
Chr5:2497350 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B132,B82
Chr5:2497350 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B132,B82
Chr5:2497377 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B21,B22,B51,B91,C15,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954314.1
ATGTGCATTGATCTCGTGATCTGCTTGAGCGATGAGAGCGAGCTGACCTTCCATGTATCAAAGCTTGAACTGATGAAAGAAGGGCTTTTCCAGATACGGGACGTCTTGATCGACACGAGTCGTTACCAAGAGCGTTTGGTGCAGAGGAGCACCGTTGTGGATGTCGAGCTGGGGGTGTGTGGAGGGGTGCACGTCGTTGGGATCGGGCAGAAGCTGTGCTTGTACGCGGGGAAGATCTTGACGGTGGACGAGGAGGAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024775
ATGTGCATTGATCTCGTGATCTGCTTGAGCGATGAGAGCGAGCTGACCTTCCATGTATCAAAGCTTGAACTGATGAAAGAAGGGCTTTTCCAGATACGGGACGTCTTGATCGACACGAGTCGTTACCAAGAGCGTTTGGTGCAGAGGAGCACCGTTGTGGATGTCGAGCTGGGGGTGTGTGGAGGGGTGCACGTCGTTGGGATCGGGCAGAAGCTGTGCTTGTACGCGGGGAAGATCTTGACGGTGGACGAGGAGGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810297.1
MCIDLVICLSDESELTFHVSKLELMKEGLFQIRDVLIDTSRYQERLVQRSTVVDVELGVCGGVHVVGIGQKLCLYAGKILTVDEEEVVRSGVKQLDAAMGLFKFVWESAGVKGDLEVEGHLWCVGAQNRSFIYRGNVYMVHAINL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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