当前解析结果
SmilChr05G000336| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000336 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000336 |
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At2g42960 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 2500100 - 2504419 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985056 |
|---|---|
| GeneID | 130985056 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985056 |
| 原始查询 | SmilChr05G000336 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At2g42960 |
| 产物 | probable receptor-like protein kinase At2g42960 |
| Arabidopsis | AT3G59110 (AT3G59110)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825080] identity=72.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0497600- identity=68.9; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985056 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057763807.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057763807.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763807.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763807.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057763807.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:2500772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:2500797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B38,B39,C13 |
Chr5:2500817 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,B88,C57 |
Chr5:2500835 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr5:2500841 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,B88,C57 |
Chr5:2501239 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr5:2501357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr5:2501381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B98 |
Chr5:2501665 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr5:2501697 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr5:2502149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B57,C12,C46 |
Chr5:2502380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B108,C4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763807.1PF00069
Pkinase 181-449 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 183-451 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763807.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 181 | 449 | 4.7e-47 | 161.3 | Protein kinase domain |
XP_057763807.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 183 | 451 | 3.9e-47 | 161.5 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。