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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000342

染色体: Chr05 坐标: 2548633-2550683 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000342
名称SmilChr05G000342
描述GDSL esterase/lipase At4g10955-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2548633 - 2550683 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985060
GeneID130985060
locus_tag-
NCBI NameLOC130985060
原始查询SmilChr05G000342

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At4g10955-like
产物GDSL esterase/lipase At4g10955-like
ArabidopsisAT5G50890 (AT5G50890)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835161]
identity=66.8; qcov=0.908; evalue=1.72e-179; confidence=high
RiceOs01g0751600 (THIS1)
-
identity=61.5; qcov=0.901; evalue=2.83e-162; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057763811.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057763811.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057763811.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763811.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2548819 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr5:2548819 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr5:2548824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:2548839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C70,D7
Chr5:2548864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:2548884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr5:2548996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C70,D7
Chr5:2549010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr5:2549022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B66,C46
Chr5:2549030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B13
Chr5:2549034 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 6 B2,B68,C78,C85,D2,D5
Chr5:2549186 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 129 A10,A11,A13,A14,A15,A2,A20,A21,A25,A3,A4,A7,A9,B1,B100,B104,B105,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B118,B120,B121,B125,B127,B128,B129,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B14,B15,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B28,B31,B32,B35,B36,B38,B39,B40,B46,B47,B48,B49,B51,B52,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B66,B67,B73,B76,B81,B83,B86,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C17,C18,C19,C2,C22,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C34,C37,C38,C39,C43,C44,C45,C46,C48,C5,C51,C52,C55,C56,C57,C59,C60,C7,C70,C75,C77,C79,C80,C81,C84,C86,C87,C9,D11,D3,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907828.1
ACGTTAGCACCCACCTGGAATCCAACGAGCAGGAAATATGACCGTTACAAAATCTGAAACTCCCACCCTTCCAAAATCAAAAAACAAAAGGCAGGCGTTTTTTAAATTCAGCAATAATGGCATTAGATTTTTTCCCAAATCTAACGCAATAAAGTCTCCCCTTCTCACGCTCGACATTCAGCAATGCTTTAACACATTTTTCCAATCTTATTCATCTCGCTGCCTTCAATCATTCAATGTCAGAGAGAGAAGGAATGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985060
ATGTCAGAGAGAGAAGGAATGGCGAAGAAAGGTGCAGAAGAGGCGAAAAGCGAGGTTTTGCAGGTGGTGGATGAAGCAGGAAGAAACCTAGATTGCGCGAATCAGTTAGAGCCTCAAATTCAAACACAGCAGCATCCGTACGCGTTTCATGTATCTGGACCGCGCAATGTTCCTTCCATAAACTGGAGAGATCTGATCAACTCCACCTGGAAGGATGGGAAATACAAAAGGACAGTAATTGCTTGCTTCATACAAGCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763811.1
MSEREGMAKKGAEEAKSEVLQVVDEAGRNLDCANQLEPQIQTQQHPYAFHVSGPRNVPSINWRDLINSTWKDGKYKRTVIACFIQAVYLLELDRQESRSDETCLAPKWWIPFKYKLVETLIDERDGSIFGAILEWDRAAALADFVLLRPKGAPRAVLVLRGTLLKSPTIRRDIEDDLRFLAWESLKGSVRFSCAFKALRSISDKYGSSNVCIAGHSLGAGFALQVGKALAKEGVFVEAHLFNPPSLSLASSLRNMGEKAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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