Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000343`

染色体: Chr05 坐标: 2551233-2552454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000343`
名称	SmilChr05G000343
描述	cytochrome b561 domain-containing protein At2g30890-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2551233 - 2552454 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985061`
GeneID	`130985061`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985061`
原始查询	`SmilChr05G000343`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b561 domain-containing protein At2g30890-like
产物	cytochrome b561 domain-containing protein At2g30890-like
Arabidopsis	`AT2G30890` (AT2G30890) Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817639] identity=40.8; qcov=0.768; evalue=7.11e-50; confidence=medium
Rice	`Os05g0565100` - identity=50.6; qcov=0.747; evalue=2.3e-60; confidence=high
GO	GO:0140575 (transmembrane monodehydroascorbate reductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03188 (Cytochrom_B561)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057763812.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057763812.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057763812.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057763812.1`
5	Endosome	内体	0.20000	`XP_057763812.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2551464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr5:2551491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr5:2551861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr5:2552112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C84
`Chr5:2552203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B118,C1,C45
`Chr5:2552208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr5:2552210`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C38
`Chr5:2552210`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C38
`Chr5:2552315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr5:2552349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763812.1

235 aa

118

235

Cytochrom_B561

PF03188 Cytochrom_B561 64-189 aa

XP_057763813.1

233 aa

116

233

Cytochrom_B561

PF03188 Cytochrom_B561 62-187 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763812.1`	Pfam	`PF03188`	Cytochrom_B561	Family	64	189	1.8e-06	29.0	Eukaryotic cytochrome b561
`XP_057763813.1`	Pfam	`PF03188`	Cytochrom_B561	Family	62	187	1.7e-06	29.0	Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907829.1
TTATATATGCTTATATATAGTTATACCTCTCTTAACACAGCTACAAAAATGTTTGCTGCACACAACCTCCTTTCTCTTGCAGGCCTGCTCCTCTTCAATCTTCTGCCATTAGTTGCATCACTTGATGATCAACATACATCAAAACACAATCTTCAAAAGATTCAGGTCACTCCCAAACTGTCATATCAGATCAAACTCCATGCATTCCTCCTCTGGGCTTCTGTTGGTTTCTTGATGCCAATTTCTGTACTCATAAAGAG...

XM_057907830.1
TATATATGCTTATATATAGTTATACCTCTCTTAACACAGCTACAAAAATGTTTGCTGCACACAACCTCCTTTCTCTTGCAGGCCTGCTCCTCTTCAATCTTCTGCCATTAGTTGCATCACTTGATGATCAACATACATCAAAACACAATCTTCAAAAGGTCACTCCCAAACTGTCATATCAGATCAAACTCCATGCATTCCTCCTCTGGGCTTCTGTTGGTTTCTTGATGCCAATTTCTGTACTCATAAAGAGGATCTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985061
ATGCTTATATATAGTTATACCTCTCTTAACACAGCTACAAAAATGTTTGCTGCACACAACCTCCTTTCTCTTGCAGGCCTGCTCCTCTTCAATCTTCTGCCATTAGTTGCATCACTTGATGATCAACATACATCAAAACACAATCTTCAAAAGGTCACTCCCAAACTGTCATATCAGATCAAACTCCATGCATTCCTCCTCTGGGCTTCTGTTGGTTTCTTGATGCCAATTTCTGTACTCATAAAGAGGATCTCTAACTC...

LOC130985061
ATGCTTATATATAGTTATACCTCTCTTAACACAGCTACAAAAATGTTTGCTGCACACAACCTCCTTTCTCTTGCAGGCCTGCTCCTCTTCAATCTTCTGCCATTAGTTGCATCACTTGATGATCAACATACATCAAAACACAATCTTCAAAAGATTCAGGTCACTCCCAAACTGTCATATCAGATCAAACTCCATGCATTCCTCCTCTGGGCTTCTGTTGGTTTCTTGATGCCAATTTCTGTACTCATAAAGAGGATCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057763812.1
MLIYSYTSLNTATKMFAAHNLLSLAGLLLFNLLPLVASLDDQHTSKHNLQKIQVTPKLSYQIKLHAFLLWASVGFLMPISVLIKRISNSDPSPTKLTIIFYTHAITQVCAVLLATAGGLISIKYFDNSFSNHHQKIGLLFYAAILLQTMLSIWRPQRGSKGRKIWFVFHWLVGIAALLVGVMNVFTGLEAYHERMLEDVRIWRVAFMVELCLMLLVYLLQEKWHYLTHQHKTEAC

XP_057763813.1
MLIYSYTSLNTATKMFAAHNLLSLAGLLLFNLLPLVASLDDQHTSKHNLQKVTPKLSYQIKLHAFLLWASVGFLMPISVLIKRISNSDPSPTKLTIIFYTHAITQVCAVLLATAGGLISIKYFDNSFSNHHQKIGLLFYAAILLQTMLSIWRPQRGSKGRKIWFVFHWLVGIAALLVGVMNVFTGLEAYHERMLEDVRIWRVAFMVELCLMLLVYLLQEKWHYLTHQHKTEAC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器