Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000371`

染色体: Chr05 坐标: 2757111-2759387 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000371`
名称	SmilChr05G000371
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2757111 - 2759387 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985089`
GeneID	`130985089`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985089`
原始查询	`SmilChr05G000371`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
产物	tetrahydroberberine oxidase-like
Arabidopsis	`AT1G30760` (AT1G30760) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839958] identity=50.3; qcov=0.964; evalue=4.92e-167; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=46.6; qcov=1.01; evalue=1.08e-154; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985089

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057763844.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057763844.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763844.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763844.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763844.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2757199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C10
`Chr5:2757233`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B1,B24,C80,C82,D10
`Chr5:2757233`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B1,B24,C80,C82,D10
`Chr5:2757234`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	72	A14,A16,A21,A22,A25,A3,A4,A6,A7,A9,B105,B115,B12,B120,B124,B133,B136,B140,B15,B25,B28,B3,B30,B33,B45,B47,B50,B52,B56,B58,B63,B65,B75,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B9,B90,B91,B92,B96,C1,C15,C18,C21,C25,C28,C3,C32,C34,C35,C36,C4,C49,C51,C56,C58,C60,C68,C69,C73,C75,C8,C80,C84,C86,D11,D3,D9
`Chr5:2757253`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	138	A10,A13,A14,A16,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B101,B104,B105,B108,B109,B115,B118,B119,B12,B120,B122,B124,B126,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B140,B15,B16,B23,B24,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B34,B38,B39,B45,B47,B48,B49,B50,B52,B53,B56,B58,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B74,B75,B76,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B9,B90,B91,B92,B94,B96,C1,C10,C13,C14,C15,C16,C18,C21,C23,C25,C28,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C41,C45,C49,C50,C51,C54,C56,C58,C59,C60,C68,C69,C7,C71,C73,C75,C76,C8,C80,C82,C84,C86,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D7,D9
`Chr5:2757265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B25,B8
`Chr5:2757266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr5:2757271`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B133,B25,B8
`Chr5:2757271`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B133,B25,B8
`Chr5:2757374`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A15,A20,B113,B130,B19,B44,B55,B59,B68,B70,B97,C13,C17,C19,C44,C53,C56,C78,C86,D2
`Chr5:2757455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr5:2757469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763844.1

526 aa

263

526

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 76-212 aa PF08031 BBE 463-521 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763844.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	76	212	1.2e-26	93.8	FAD binding domain
`XP_057763844.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	463	521	9e-21	74.3	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907861.1
AAATAATCAAAAGGAAGAAGAAAGAAAGAAAGAGCACAAACCACTTCCCACAATCACATTAATCTCATCATCTCTACACCATGAAAACCCCAACCATTTCTTCTCTCACTTTGCTTCTTCTTCTCATCTCATGCTCATGGGCAGCAGCTTTCGCCGCCGCCGACCACCACCAAGATTTCCTACATTGCCTGTCTGACAAATTCGACAGCTCCAACGTTGTTTACACCGCAAGCAATTCATCATACACTTCCATCTTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985089
ATGAAAACCCCAACCATTTCTTCTCTCACTTTGCTTCTTCTTCTCATCTCATGCTCATGGGCAGCAGCTTTCGCCGCCGCCGACCACCACCAAGATTTCCTACATTGCCTGTCTGACAAATTCGACAGCTCCAACGTTGTTTACACCGCAAGCAATTCATCATACACTTCCATCTTGAAATATTCCATCTTCAACCTCAGATTCGCTTCCGAATCTACGCCAAAGCCGCAGGTGATCATAACCCCGGAACACGAATCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763844.1
MKTPTISSLTLLLLLISCSWAAAFAAADHHQDFLHCLSDKFDSSNVVYTASNSSYTSILKYSIFNLRFASESTPKPQVIITPEHESQIPPVIHCAKKTGLEIRTRSGGHDFEGLSYVSQVPFVMIDLINLSEITVDAEAKTAWVEAGATIGSLYYRIAEKSPVLGFPAGGCLTIGVGGHFSGGGYGFMQRKYGLAADHVIDARIVDVNGRILDRKSMGEDLFWAIRGGGAASFGVVVAWKVELLDVPERVTVFTVDKTLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器