Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000376`

染色体: Chr05 坐标: 2828900-2830841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000376`
名称	SmilChr05G000376
描述	berberine bridge enzyme-like 8
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2828900 - 2830841 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985097`
GeneID	`130985097`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985097`
原始查询	`SmilChr05G000376`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	berberine bridge enzyme-like 8
产物	berberine bridge enzyme-like 8
Arabidopsis	`AT1G30700` (AT1G30700) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839950] identity=58.8; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=45.2; qcov=1.01; evalue=2.37e-143; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985097

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057763850.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057763850.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763850.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763850.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763850.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2829001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr5:2829052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B78,C42,D1
`Chr5:2829124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:2829362`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B48
`Chr5:2829362`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B48
`Chr5:2829469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr5:2829591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2829597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr5:2829618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C38,D1
`Chr5:2829696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr5:2829697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:2829711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763850.1

529 aa

264

529

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 79-216 aa PF08031 BBE 466-523 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763850.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	79	216	1.4e-21	77.4	FAD binding domain
`XP_057763850.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	466	523	9e-19	67.9	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907867.1
GCCCACATACTTCAAAATTTTCTCTATATAATCCCAACTCAAAACCCTCATTATAATATCAAAAACCACAACATTTTCAGACAATGAGTTGTTCCAGAATTGCAGTGTCATTCTCTCTCCTCTTCTCCCTTCTACTTTCTCTCTCATCGGCTGCCTCCAACAACACATCGTCTCACCATGCATTCATTCAATGCCTTGAAAACAAATCCGGTTCATCCATTTCTGCAGTTCTCTACACTCGAAGCAATTCCTCATATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985097
ATGAGTTGTTCCAGAATTGCAGTGTCATTCTCTCTCCTCTTCTCCCTTCTACTTTCTCTCTCATCGGCTGCCTCCAACAACACATCGTCTCACCATGCATTCATTCAATGCCTTGAAAACAAATCCGGTTCATCCATTTCTGCAGTTCTCTACACTCGAAGCAATTCCTCATATTCATCAGTTCTGCAAAACTACATAAGAAACCTACGCTTCAATGAATCCTACACACCAAAGCCCCAAATCATCATCACCGCGAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763850.1
MSCSRIAVSFSLLFSLLLSLSSAASNNTSSHHAFIQCLENKSGSSISAVLYTRSNSSYSSVLQNYIRNLRFNESYTPKPQIIITAKQVSHIQSAISCAKAHGMQMKIRSGGHDYEGISYWSDDPNFFVLDMFNFRSVNVSVDDESAWTEVGATLGEVFYGIAVKSRTHGFPAGVCPTVGVGGHFSGGGYGNMMRKYGLSVDNIVDAKIIDVNGRLLDRRAMGEDLFWAITGGGGSSYGVVLSYKIKIVPVPENVTVFRVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器