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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000377`

染色体: Chr05 坐标: 2831624-2833390 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000377`
名称	SmilChr05G000377
描述	berberine bridge enzyme-like 8
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2831624 - 2833390 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985096`
GeneID	`130985096`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985096`
原始查询	`SmilChr05G000377`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	berberine bridge enzyme-like 8
产物	berberine bridge enzyme-like 8
Arabidopsis	`AT1G30700` (AT1G30700) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839950] identity=56.1; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=44.7; qcov=0.978; evalue=8.12e-142; confidence=medium
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057763849.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057763849.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763849.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763849.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763849.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2831709`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	112	A1,A14,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,B102,B11,B111,B112,B122,B123,B124,B127,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B14,B15,B16,B17,B22,B23,B25,B3,B30,B31,B33,B35,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B49,B50,B54,B57,B60,B66,B68,B71,B74,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B85,B90,B91,B92,B93,C1,C12,C14,C18,C20,C21,C27,C28,C30,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C42,C46,C47,C48,C49,C52,C6,C62,C64,C66,C68,C7,C71,C75,C77,C78,C8,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8
`Chr5:2831710`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	97	A1,A10,A11,A13,A18,A8,B10,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B110,B112,B117,B118,B119,B120,B122,B125,B127,B128,B131,B132,B134,B139,B15,B19,B21,B23,B26,B28,B29,B32,B34,B36,B38,B39,B42,B43,B45,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B67,B69,B72,B74,B76,B79,B81,B87,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B99,C1,C10,C13,C15,C2,C21,C25,C26,C29,C31,C32,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C48,C50,C54,C59,C61,C65,C68,C71,C72,C76,C81,C87,C9,D1,D2,D5,D9
`Chr5:2831711`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	86	A14,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,B102,B11,B111,B123,B124,B129,B13,B133,B135,B136,B14,B16,B17,B22,B25,B3,B30,B31,B33,B35,B4,B40,B41,B46,B48,B49,B50,B54,B57,B66,B68,B71,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B85,B91,B93,C12,C14,C18,C20,C27,C28,C30,C33,C34,C35,C37,C38,C46,C47,C49,C52,C6,C62,C64,C66,C7,C75,C77,C78,C8,D10,D11,D3,D4,D6,D7,D8
`Chr5:2831727`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	95	A1,A10,A13,A18,A8,B10,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B110,B112,B117,B118,B119,B120,B122,B125,B127,B128,B129,B132,B134,B139,B15,B19,B21,B23,B26,B28,B29,B32,B34,B36,B38,B39,B42,B43,B59,B6,B60,B62,B63,B65,B67,B69,B72,B74,B76,B79,B81,B87,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B99,C1,C10,C13,C15,C2,C21,C25,C26,C29,C31,C32,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C48,C50,C54,C59,C61,C65,C68,C71,C72,C76,C81,C87,C9,D1,D2,D5,D9
`Chr5:2831768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr5:2831804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,C10,C40
`Chr5:2831828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,D11
`Chr5:2831848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr5:2831860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,B45
`Chr5:2831894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C19
`Chr5:2832182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,B78
`Chr5:2832211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B12,C28,C30,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763849.1

540 aa

270

540

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 87-224 aa PF08031 BBE 479-536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763849.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	87	224	4.9e-20	72.4	FAD binding domain
`XP_057763849.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	479	536	2.5e-18	66.5	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907866.1
ATTTTCACTACTATCAATGTACTCGATCGATATTATCTAAACTCGCCTCCATTTATACTCATCATATTCACATCCAACTCATGATCATTACCAATTTCAGAAAGAAAAAAATGGAAACTTCGAGAAACACAAATCTGATTTTCTCTCTCATCGCCGCTCTCCTACTTTCTCTCTCATCGGCCTCTTCAGACGAGTCTTTCCTCCGGTGCCTGAACAACCACTCCGACCCCTCCAGTCCGATCTCTGCAATTCTCTACGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985096
ATGATCATTACCAATTTCAGAAAGAAAAAAATGGAAACTTCGAGAAACACAAATCTGATTTTCTCTCTCATCGCCGCTCTCCTACTTTCTCTCTCATCGGCCTCTTCAGACGAGTCTTTCCTCCGGTGCCTGAACAACCACTCCGACCCCTCCAGTCCGATCTCTGCAATTCTCTACGCTCCAAACAACGCCTCCTATTCAGTTATTCTCCAAAACTACCTCAACAATCTCCGCTTCAATTCATCGTCAACTCCGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763849.1
MIITNFRKKKMETSRNTNLIFSLIAALLLSLSSASSDESFLRCLNNHSDPSSPISAILYAPNNASYSVILQNYLNNLRFNSSSTPKPRFILTALHVSHVQAAVVCAKSHGLQIKIRSGGHDYEGLSYTSDFADFFILDMFNLRAVDVSVGDETAWVGAGAILGEVYYAIAEKSAVHAFPAGVCPRVGVGGHFGGGGYGNMIRAHGLSVDNIVDATMVGVDGRLLDRESMGEDLFWAITGGGAASFGVVVSYKIKLVRVPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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