Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000378

染色体: Chr05 坐标: 2836614-2838746 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000378
名称SmilChr05G000378
描述berberine bridge enzyme-like 21
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2836614 - 2838746 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985098
GeneID130985098
locus_tag-
NCBI NameLOC130985098
原始查询SmilChr05G000378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述berberine bridge enzyme-like 21
产物berberine bridge enzyme-like 21
ArabidopsisAT4G20840 (AT4G20840)
FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827832]
identity=61.8; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0549900
-
identity=47.2; qcov=0.942; evalue=6.03e-146; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG-
PfamPF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057763851.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057763851.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057763851.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763851.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2836817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:2837077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C22,C40
Chr5:2837080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:2837089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B15,C50
Chr5:2837109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B58,C22,C40
Chr5:2837151 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 12 A21,A4,B1,B125,B132,B17,B64,B81,B90,B92,C20,D3
Chr5:2837158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B54,C38
Chr5:2837161 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 189 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B125,B129,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B92,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C20,C21,C22,C24,C26,C28,C29,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:2837164 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 205 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B125,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B29,B3,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C24,C26,C28,C29,C30,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C69,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:2837166 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 192 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B125,B128,B129,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B9,B92,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C24,C26,C28,C29,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:2837176 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 194 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B125,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B61,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B9,B92,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C24,C26,C28,C29,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:2837179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763851.1
535 aa
N
1
268
535
FAD_binding_4
BBE
C
PF01565 FAD_binding_4 77-213 aa PF08031 BBE 466-523 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763851.1 Pfam PF01565 FAD_binding_4 Domain 77 213 1.9e-23 83.4 FAD binding domain
XP_057763851.1 Pfam PF08031 BBE Domain 466 523 1.1e-20 74.0 Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907868.1
AGAAAATTTAAAATTATATTACTCGAAATGTTATTAATTTGGTTCCCGACAAATATTTGTCGCTGTCACTGCGAAAATTGAATTCTTCTCTCTCTAAAACGTAGAAAAAAATTATACTTATATATATATATGTACAATGCTGCAGTTCTTCTCCACAGCACAAAGTGCGTATCCATCTCTCTTCTCCTCTCACTAAAATGAAGGGATCTTCGGTCTTAATCTTCCTAAACCTCGTCATCATTTTTGCTTACGCTTCTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985098
ATGAAGGGATCTTCGGTCTTAATCTTCCTAAACCTCGTCATCATTTTTGCTTACGCTTCTGCGCAGAATCAAAATGTGTACGACTCGTTTGTCCAGTGCTTCTCGGAAACGAAAATCCCAGAATCCGAGATAACGAAAATAGTGTACAGCCCAAACAGCCCCTTGTTCACGAATGTTCTAGAATCCTACATCAGAAACCGCCGCTTCAACGTCTCGACCACCCCGAAGCCCAGCGTCATCGTCACCCCGACCTCGGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763851.1
MKGSSVLIFLNLVIIFAYASAQNQNVYDSFVQCFSETKIPESEITKIVYSPNSPLFTNVLESYIRNRRFNVSTTPKPSVIVTPTSAAQVSAAVVCVRKLGVQLKIRSGGHDYEGTSYVSDVAFVILDMFNFRNVDVDIADESAWVESGAYLGELYYRIWEKSKVHAFPAGICPTVAAGGHISGAGYGNMLRKHGLTVDHLVDAKIVVADGRILDRKSMGEDLFWAIRGGGGASFGVIISYKIKLVAVPATVTVFRLEKYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器