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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000386

染色体: Chr05 坐标: 2905327-2907271 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000386
名称SmilChr05G000386
描述uncharacterized SmilChr05G000386
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2905327 - 2907271 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985105
GeneID130985105
locus_tag-
NCBI NameLOC130985105
原始查询SmilChr05G000386

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive nuclear protein / ethylene-regulated nuclear protein (ERT2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827836]; symbol=AT4G20880; hit=AT4G20880; species=arabidopsis; confidence=low
产物ethylene-responsive nuclear protein / ethylene-regulated nuclear protein (ERT2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827836]; symbol=AT4G20880; hit=AT4G20880; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G20880 (AT4G20880)
ethylene-responsive nuclear protein / ethylene-regulated nuclear protein (ERT2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827836]
identity=42; qcov=0.443; evalue=4.23e-25; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057763860.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763860.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763860.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763860.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763860.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2905449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C12,D3
Chr5:2905470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C28,C30,C58
Chr5:2905474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:2905569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:2905578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C48
Chr5:2905591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B56,B89,B96,C51
Chr5:2905632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr5:2905634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:2905770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr5:2905799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B110,C28,C30,C58
Chr5:2905892 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 4 C17,C19,C56,C86
Chr5:2905892 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 4 C17,C19,C56,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907877.1
AATATAATCCTCATTATTAATGATATTAAAAAAAAGGGCGACTGTAACTAAATTTCCTTAATTACTCCGTCCATGAACAGCAGGCCTTCAACCGACAGCTATAGCAAAACAATTCCCATTAATTTCTCCGATCCGATTATTACAGTTGAAAACAGTTCCCACGCGCCGTCTCCTCCTAATCCCTTTTCCTTCCTTATAAATCCCTCTTTAGGGTTTCAAATTTTTCTCAACCTCTTTCATGATTTGGAGCAGAAAGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985105
ATGCCTTTCCCGTGGAAGAAGGTGAAGAGCACGAGAATTTCCCAATTGGTCAACGACCATCTCCACATCTCCCAGAAGCGGCGCGACGGCTCGTCGCTGGTGGTGGAGACCGGTTTTCCGACGTCGCTGATCGATCTCTTCATCAAGAATCGGGAGAAATTGAAGAAGCCGTCGAAGAGGAGGCGTCAGAGTCCGCCGATTGCATCTCCCGACGATGATGTTTATGATCCGGTGATTGAAGGATCGCCCCTCTCTTGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763860.1
MPFPWKKVKSTRISQLVNDHLHISQKRRDGSSLVVETGFPTSLIDLFIKNREKLKKPSKRRRQSPPIASPDDDVYDPVIEGSPLSCPPPPPPPSLAASPSPQRLSPIPPPPSNEILCCSRIGQRRRIRARLWRNSAAAAADGGGFDRDRDVNGVLIGVSKIFMVVVLALATKRLTVGITISAVLLLFLEYVGKHCGRLSKPPFAAAKGGIGARLLRFTKLEVKQEPSTRKPASLPSITCESSTPPAAAAEIQPEKDTAEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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