Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000390`

染色体: Chr05 坐标: 2946008-2950780 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000390`
名称	SmilChr05G000390
描述	uncharacterized SmilChr05G000390
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2946008 - 2950780 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985109`
GeneID	`130985109`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985109`
原始查询	`SmilChr05G000390`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Actin-like ATPase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839934]; symbol=AT1G30540; hit=AT1G30540; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Actin-like ATPase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839934]; symbol=AT1G30540; hit=AT1G30540; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G30540` (AT1G30540) Actin-like ATPase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839934] identity=69.9; qcov=0.974; evalue=4.84e-176; confidence=high
Rice	`Os07g0147700` - identity=67.5; qcov=0.954; evalue=1.17e-163; confidence=high
GO	-
KEGG	smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01869 (BcrAD_BadFG)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057763869.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057763869.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763869.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763869.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763869.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2946381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr5:2946386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr5:2946387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:2946407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B27,C59
`Chr5:2946466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr5:2947090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:2947916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B7,C60
`Chr5:2948041`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C37
`Chr5:2948041`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C37
`Chr5:2948554`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C2
`Chr5:2948554`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C2
`Chr5:2949493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763869.1

345 aa

172

345

BcrAD_BadFG

PF01869 BcrAD_BadFG 17-331 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763869.1`	Pfam	`PF01869`	BcrAD_BadFG	Family	17	331	2.8e-65	221.3	BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907886.1
AAGGAAAAATGGAGAGCCCAACCAAACAAAAGGGTCTCGATTCGAATACGAATAATTACACAAATCGTCCTCTGCAGTTCCTTCGATGAAGTTCTCTCTTTTTTCAACTATATACCGTACAACTAAAATACTAAAAAGAAGATAAAGCGTTGATTCAAAAGCGCAACAAGCGGTAATTGGTAGAAATTACCACAGTTCGTATAACGTTTGGCTCCTCCCTCCGCCTTCTCCATCATCACCAATGGAGAATCACAACACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985109
ATGGGGTCTGAATCGAAGGAGCGCCGTAGCGCCGAAGAAGGGGTGATTTTGGGGGTGGACGGCGGCACCACTTCCACCGTGTGCGTTTGTTTGCCGCTTCTCCCCTTCTCCGACCACCGCCAATTGCCCGATCCTATCCCCGTTCTCGGCCGCGCCGCCGCCGGTTGCTCCAACCACAACAGCGTTGGAGAAACTGCAGCCAGAGAAACACTCGAACAAGTTATAAATGAAGCTCTTTCTAGAGCTGGCAAGAATCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763869.1
MGSESKERRSAEEGVILGVDGGTTSTVCVCLPLLPFSDHRQLPDPIPVLGRAAAGCSNHNSVGETAARETLEQVINEALSRAGKNLSAVLAICLGVSGVNHPSDQERVLNWIRNIFPCNVKIYVQNDAVVALASGTMGRLHGCVLIAGTGCIAYGFTEDGKEARSAGAGPVLGDWGSGYGIASRALTAVMKAHDGRGPATMLTNSILQSLGLSSPDEIIGWTYADSSWARIAALVPLVVSCAEAGDQIADEILSNAVQEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器