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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000392

染色体: Chr05 坐标: 2955293-2956192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000392
名称SmilChr05G000392
描述uncharacterized SmilChr05G000392
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2955293 - 2956192 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985110
GeneID130985110
locus_tag-
NCBI NameLOC130985110
原始查询SmilChr05G000392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828262]; symbol=AT4G21740; hit=AT4G21740; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828262]; symbol=AT4G21740; hit=AT4G21740; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G21740 (AT4G21740)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828262]
identity=35.7; qcov=0.881; evalue=9.5e-13; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057763870.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763870.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763870.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763870.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2955639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B111,C17,C19,C86
Chr5:2955652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B111,C17,C19,C86
Chr5:2955687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C25
Chr5:2955692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B33,B44,C8
Chr5:2955696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr5:2955833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B2,B55,C84
Chr5:2955870 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 49 A13,A14,A23,B103,B105,B109,B11,B111,B112,B119,B128,B130,B135,B137,B17,B2,B20,B23,B3,B33,B47,B5,B53,B65,B66,B67,B69,B78,B81,B85,B86,B89,C1,C16,C21,C28,C30,C31,C42,C44,C45,C68,C69,C70,C73,C8,C81,D1,D2
Chr5:2955879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr5:2955925 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 20 A11,A21,A4,A7,B107,B123,B24,B27,B28,B31,B38,B57,B62,B68,B70,B83,C18,C33,C65,C66
Chr5:2955929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C60
Chr5:2955937 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 20 A11,A21,A4,A7,B107,B123,B131,B24,B28,B38,B57,B62,B68,B70,B83,C18,C33,C60,C65,C66
Chr5:2955954 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907887.1
GAAAAGGCCAAGGAAAGAGACGAGATGGAATACTTTTGAGGTAAAAGGTAATCAGACTTTTCTTTTTCCTACCATTTTCCCATGCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCCTCTCACTCTCTCTCTAAACTCCAAAAACTGCAGCATATATAGCGCGCAACTATTTATTCCCGCAATAATTGCTGTCTTCATCCGATTTTGTTCCTCTCCGACACCGATTCACGAGTTTGGTTTCCAAAAATTGACAATCTGCTTAGTCGAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985110
ATGAACGGCATCCTGCTCCGATTCGTCGCCGTCGCGGCTCTATCCGCTCTCCTCGCCGGCTCCGCCGCTCGGGAGCTGCGGCCGTCGGACCACGGCCTAGGGTTTCAGGAAACCTCGTCGCCGCCGCCGCGAAACGGCGAGGAGCAGGAAATGCGGTCGTTCTTCGGCGCGTCGACCGTGCAGCTGCCGGAGGCGAAGAACATCAGCGACACGTGGCTGGGAGCTCACACGAGTGGGATCGGGGGTGGCGGAGCAGCACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763870.1
MNGILLRFVAVAALSALLAGSAARELRPSDHGLGFQETSSPPPRNGEEQEMRSFFGASTVQLPEAKNISDTWLGAHTSGIGGGGAARETGRDHVRLGLLVATAVCGLTGVVLLAISGVIFLFRLRISSTSPPTPIHAESKISG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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