当前解析结果
SmilChr05G000398| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000398 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000398 |
| 描述 | protein BZR1 homolog 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 2996405 - 2997368 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985116 |
|---|---|
| GeneID | 130985116 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985116 |
| 原始查询 | SmilChr05G000398 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BZR1 homolog 4-like |
| 产物 | protein BZR1 homolog 4-like |
| Arabidopsis | AT2G45880 (BAM7)beta-amylase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819196] identity=56.2; qcov=0.388; evalue=1.2e-18; confidence=low |
| Rice | Os02g0129600- identity=58.1; qcov=0.33; evalue=6.11e-18; confidence=low |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0009742 (brassinosteroid mediated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05687 (BES1_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985116 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057763883.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763883.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763883.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057763883.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057763883.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:2996607 |
TAG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B36,C20 |
Chr5:2996607 |
TAG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B36,C20 |
Chr5:2996710 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B50,C48,D2 |
Chr5:2996731 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B86,B87,B95,C7 |
Chr5:2996737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B20,B51,B88,C57 |
Chr5:2996791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C11,C16,C33,C74 |
Chr5:2996797 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:2996989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B134 |
Chr5:2997114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr5:2997168 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B86,B95,C27,C7 |
Chr5:2997205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B16 |
Chr5:2997228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B41,B58,B75,C3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763883.1PF05687
BES1_N 12-81 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763883.1 |
Pfam | PF05687 |
BES1_N | Family | 12 | 81 | 9.8e-30 | 104.6 | BES1/BZR1 plant transcription factor, N-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。