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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000409

染色体: Chr05 坐标: 3084108-3100461 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000409
名称SmilChr05G000409
描述ABC transporter C family member 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3084108 - 3100461 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985126
GeneID130985126
locus_tag-
NCBI NameLOC130985126
原始查询SmilChr05G000409

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter C family member 2-like
产物ABC transporter C family member 2-like
ArabidopsisAT2G34660 (ABCC2)
multidrug resistance-associated protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818031]
identity=76; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0620000 (MRP1)
-
identity=74.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057763903.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057763903.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057763903.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763903.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763903.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3084475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:3084770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C59
Chr5:3084791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B140,C23,C82
Chr5:3084929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B140,C23,C82
Chr5:3084941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:3085150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B94
Chr5:3086100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:3086168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:3087637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B60,B61,B96
Chr5:3087689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr5:3087778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr5:3089395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B86,B87,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763903.1
1621 aa
N
1
810
1621
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 307-571 aa PF00005 ABC_tran 633-769 aa PF00664 ABC_membrane 919-1171 aa PF00005 ABC_tran 1257-1405 aa
XP_057763904.1
1621 aa
N
1
810
1621
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 307-571 aa PF00005 ABC_tran 633-769 aa PF00664 ABC_membrane 919-1171 aa PF00005 ABC_tran 1257-1405 aa
XP_057763905.1
1621 aa
N
1
810
1621
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 307-571 aa PF00005 ABC_tran 633-769 aa PF00664 ABC_membrane 919-1171 aa PF00005 ABC_tran 1257-1405 aa
XP_057763906.1
1621 aa
N
1
810
1621
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 307-571 aa PF00005 ABC_tran 633-769 aa PF00664 ABC_membrane 919-1171 aa PF00005 ABC_tran 1257-1405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763903.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 307 571 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763903.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 633 769 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763903.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 919 1171 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763903.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1257 1405 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763904.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 307 571 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763904.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 633 769 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763904.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 919 1171 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763904.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1257 1405 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763905.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 307 571 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763905.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 633 769 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763905.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 919 1171 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763905.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1257 1405 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763906.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 307 571 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763906.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 633 769 7.6e-47 160.1 ABC transporter
XP_057763906.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 919 1171 1.1e-69 235.9 ABC transporter transmembrane region
XP_057763906.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1257 1405 7.6e-47 160.1 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907920.1
CAGTCCCCACTCCCCACCCCACGCACTACTATGAAAACATTATTTCTCGATCATCAGCTTTTTCAATCCTATCGTTAAAAAGGAGCATTTTCTCCTTTTTATCTGTGCCCCAGAAAATATTGCCTCACTTTTCATATCTACTGAGTACTGACACGAGTCGCACCTTTTCGCTGTGAGGACTAGTAGGTTTCATACTGAATCACAGCTTGAGAAAGCTGGGGAGAGTGGAGGACGGGGATATATACATGTGGACTTGAAGA...
XM_057907921.1
TCCCCACCCCACGCACTACTATGAAAACATTATTTCTCGATCATCAGCTTTTTCAATCCTATCGTTAAAAAGGAGCATTTTCTCCTTTTTATCTGTGCCCCAGAAAATATTGCCTCACTTTTCATATCTACTGAGTACTGACACGAGTCGCACCTTTTCGCTGTGTAATACTCCATTTTCCTTCCTTTTTTGTTTTTCCTCTTTTGCTGGATTGGAGGACTAGTAGGTTTCATACTGAATCACAGCTTGAGAAAGCTGGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985126
ATGGCTTTCAAGTCATTTGAGTGGTATTGCCAACCTGTTGAGAATGGGGTCTGGGCAAGTGCAGTGGACAATGCATTTGGAGCTTATACCCCATGTGCTACTGACTCTTTGGTTATCTGCATTTCCCATCTGGTTCTTCTGGGGTTGTGCATAAATCGGCTATGGAGGATGAAAAGAGATTTCTCAGTTCAGAGATTCCTCCTTAGATCAAATTATTACAATTATGTCTTGGGTTTGCTGGCCCTTTATTGTACTGGAGA...
LOC130985126
ATGGCTTTCAAGTCATTTGAGTGGTATTGCCAACCTGTTGAGAATGGGGTCTGGGCAAGTGCAGTGGACAATGCATTTGGAGCTTATACCCCATGTGCTACTGACTCTTTGGTTATCTGCATTTCCCATCTGGTTCTTCTGGGGTTGTGCATAAATCGGCTATGGAGGATGAAAAGAGATTTCTCAGTTCAGAGATTCCTCCTTAGATCAAATTATTACAATTATGTCTTGGGTTTGCTGGCCCTTTATTGTACTGGAGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057763903.1
MAFKSFEWYCQPVENGVWASAVDNAFGAYTPCATDSLVICISHLVLLGLCINRLWRMKRDFSVQRFLLRSNYYNYVLGLLALYCTGEPLFRLVMGISVFNVDGEPGLAPYEMASLIIEAVTWCSMLVMIGLETKVYIRESRWAVRFGVLYALVGDSVMLNLALSVKEYYDWSVLALYASEVAVQVLFGVLLLVYVPDLDPYPGYSPVRNESEDNTAYEELPGGEQICPERQANFISQITYAWMNPLMKLGARRPLTEKDV...
XP_057763904.1
MAFKSFEWYCQPVENGVWASAVDNAFGAYTPCATDSLVICISHLVLLGLCINRLWRMKRDFSVQRFLLRSNYYNYVLGLLALYCTGEPLFRLVMGISVFNVDGEPGLAPYEMASLIIEAVTWCSMLVMIGLETKVYIRESRWAVRFGVLYALVGDSVMLNLALSVKEYYDWSVLALYASEVAVQVLFGVLLLVYVPDLDPYPGYSPVRNESEDNTAYEELPGGEQICPERQANFISQITYAWMNPLMKLGARRPLTEKDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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