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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000412`

染色体: Chr05 坐标: 3121589-3129609 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000412`
名称	SmilChr05G000412
描述	DNA damage-binding protein 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3121589 - 3129609 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985129`
GeneID	`130985129`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985129`
原始查询	`SmilChr05G000412`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA damage-binding protein 1
产物	DNA damage-binding protein 1
Arabidopsis	`AT4G05420` (DDB1A) damaged DNA binding protein 1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825890] identity=89; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0592400` (UV-DDB1) DNA damage-binding protein 1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4339794] identity=82.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03178 (CPSF_A); PF10433 (Beta-prop_RSE1_1st); PF23726 (Beta-prop_RSE1_2nd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763912.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057763912.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057763912.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057763912.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763912.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3121922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:3122050`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr5:3122184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr5:3122237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B59,B70,C30,C53
`Chr5:3122336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B112,B22,B24,B91
`Chr5:3122375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr5:3122558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr5:3122625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:3122702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B39,B78,C13,C33
`Chr5:3122787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr5:3123039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B78,C13,C33
`Chr5:3123099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B42,B43,C3,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763912.1

1089 aa

544

1089

Beta-prop_RSE1_1st

Beta-prop_RSE1_2nd

CPSF_A

PF10433 Beta-prop_RSE1_1st 16-344 aa PF23726 Beta-prop_RSE1_2nd 389-698 aa PF03178 CPSF_A 746-1058 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763912.1`	Pfam	`PF10433`	Beta-prop_RSE1_1st	Repeat	16	344	2e-82	277.7	RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller
`XP_057763912.1`	Pfam	`PF23726`	Beta-prop_RSE1_2nd	Repeat	389	698	1.2e-66	226.0	RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller
`XP_057763912.1`	Pfam	`PF03178`	CPSF_A	Repeat	746	1058	2e-81	274.5	CPSF A subunit region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907929.1
GGAAAACTCCAATGCCCTTTCACCGTCTCTCTTCTCCTTGTCTCTATCAGGCCCGACTGCGACGACGTCGTTTCGCTCATCTCTCACTCTGCATAAATCGATACTGCAAATAACCGCAGCTTCTCTCTCTACATTTCGAGCTGTTTCCGGCTGCTGAACCTTCCTCTCTCTACACTTCACAGGAATTGGAGTGTTAAGGGTTTCTATCCATCCAGCCGAAGTAGGAAGCTACACACACACACACATTACAGATACAGTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985129
ATGAGTACATGGAATTACGTGGTGACGGCGCACAAGCCCACCAACGTAACGCATTCGTGCGTCGGCAATTTCACCGGCCCGCAGGAGCTCAATCTCATCATTGCGAAATGCACCCGGATAGAGATTCATTTGCTCTCGCCTCAAGGCTTACAGCCTATGTTGGATGTGCCCATATATGGGAGAATCGCCACGCTCGAGCTTTTTCGCCCACACGGAGAAACACAAGATCTCCTTTTCATAGCTACAGAAAGATACAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763912.1
MSTWNYVVTAHKPTNVTHSCVGNFTGPQELNLIIAKCTRIEIHLLSPQGLQPMLDVPIYGRIATLELFRPHGETQDLLFIATERYKFCVLQWDAESGEVITRAMGDVSDRIGRPTDNGQIGIVDPDCRLIGLHLYDGLFKVIPFDNKGQLKEAFNIRLEELQVLDIKFLYGCPKPTIVVLYQDNKDARHVKTYEVALKDKDFVEGPWSQNNLDNGADLLIPVPPPLCGVLIIGEETIVYCSASTFKAIPIRPSITRAYGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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