Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000415`

染色体: Chr05 坐标: 3137229-3139173 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000415`
名称	SmilChr05G000415
描述	uncharacterized SmilChr05G000415
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3137229 - 3139173 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985133`
GeneID	`130985133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985133`
原始查询	`SmilChr05G000415`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817783]; symbol=AT2G32235; hit=AT2G32235; species=arabidopsis; confidence=low
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817783]; symbol=AT2G32235; hit=AT2G32235; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G32235` (AT2G32235) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817783] identity=37.4; qcov=0.392; evalue=4.21e-11; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763919.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763919.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763919.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057763919.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057763919.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3137535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C23,C81
`Chr5:3137577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:3137585`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	17	B1,B127,B130,B22,B36,B65,B71,C1,C34,C44,C5,C57,C64,C66,C72,C77,C8
`Chr5:3137613`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A2,B100,B125,B26,B90,B92,C83
`Chr5:3137621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B31,B97,C60
`Chr5:3137647`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	18	B10,B110,B125,B128,B129,B132,B17,B22,B28,B34,B82,B83,B86,B91,C21,C36,C55,D9
`Chr5:3137652`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	B10,B110,B125,B128,B129,B130,B132,B17,B22,B28,B34,B36,B71,B82,B83,B86,B91,C21,C34,C36,C44,C55,D9
`Chr5:3137654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B36,B71,C34,C44
`Chr5:3138316`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A14,A20,A22,B101,B18,B22,B48,B6,B7,B73,B80,B9,C1,C42,C45,C59,C67
`Chr5:3138340`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	44	A11,A2,A23,A3,B10,B100,B125,B129,B132,B133,B134,B14,B17,B19,B2,B20,B26,B28,B29,B30,B33,B34,B4,B44,B46,B49,B7,B70,B78,B85,B87,C16,C18,C25,C30,C43,C59,C61,C71,C79,C82,C85,D1,D10
`Chr5:3138342`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	40	A11,A2,A23,A3,B10,B100,B125,B129,B132,B133,B134,B14,B17,B19,B2,B20,B26,B28,B29,B30,B33,B34,B4,B44,B49,B7,B70,B78,B85,C16,C18,C25,C30,C43,C59,C61,C79,C82,C85,D10
`Chr5:3138343`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	40	A13,A24,A3,A4,A6,A9,B115,B119,B132,B16,B26,B36,B41,B44,B47,B48,B5,B69,B74,B88,B90,C11,C17,C2,C27,C32,C37,C45,C46,C48,C49,C52,C65,C68,C75,C79,D10,D3,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907936.1
ATTGTACTAACTATATAAATTAATCAAATTTCGAACAAATTTTCTTTTCTTTCCCTCCTTTTCCCCCTCTTTATATTGTTGGCGGTGAAAAAAATTATGAAAAAAATCCAACAAGAAGAAATCATAATTCAGCAGAGATGGGTGATGAAGAAATCAACTACCTCCAAAAAATCCAACAAGAAGACAACATCTGCGACTCCATGCACCACCTCTCCACCGCCTGCGACCAACACCCCGCCGCCGCCGCATGCGGCAACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985133
ATGGGTGATGAAGAAATCAACTACCTCCAAAAAATCCAACAAGAAGACAACATCTGCGACTCCATGCACCACCTCTCCACCGCCTGCGACCAACACCCCGCCGCCGCCGCATGCGGCAACTCCGGCAAGAGACAGTCTCCGCTGTCCCGATCCCTTTTTCAAGAACCGCTTCCCAAAAGGGCCACTTTCAACTCCCCCTCCTCCGCCGCCGGCTACAAGAAACTCTCGCTTCCTCGCTATTCCGCCGCCGCGCCGCCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763919.1
MGDEEINYLQKIQQEDNICDSMHHLSTACDQHPAAAACGNSGKRQSPLSRSLFQEPLPKRATFNSPSSAAGYKKLSLPRYSAAAPPLLRANSEPIYSPCTANSAAAPPQSSEFPTSPVPIRIQPRQEMLNVNVDQESYQLQENLRRPSLCRTVSAPIPAGTPPRPPARRNPSSRSPNSHTKRLKRIKKRLREISEWWNQVASEDDDDDENLESENVFTDKEECEEQVESPLEEEAVLVEKTGECLALHFKCPCGNGYQIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器