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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000440

染色体: Chr05 坐标: 3324458-3328456 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000440
名称SmilChr05G000440
描述protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3324458 - 3328456 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985160
GeneID130985160
locus_tag-
NCBI NameLOC130985160
原始查询SmilChr05G000440

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12, chloroplastic
产物protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G34640 (PTAC12)
plastid transcriptionally active 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818029]
identity=66; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0769900 (PTAC12)
-
identity=55.5; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0009416 (response to light stimulus); GO:0009507 (chloroplast); GO:0042793 (plastid transcription); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription); GO:0090228 (positive regulation of red or far-red light signaling pathway)
KEGG-
PfamPF28667 (PTAC12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985160

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057763950.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763952.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057763950.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057763952.1
5 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057763950.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3325378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B46,B74,C70
Chr5:3325432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B46
Chr5:3325459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C43,C69
Chr5:3325474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B5,C42,C62,C77
Chr5:3325662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,D11
Chr5:3325663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:3325768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:3325810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:3325849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B93
Chr5:3325900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B93
Chr5:3327097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C43,C69
Chr5:3327315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763950.1
528 aa
N
1
264
528
PTAC12
C
PF28667 PTAC12 1-527 aa
XP_057763951.1
528 aa
N
1
264
528
PTAC12
C
PF28667 PTAC12 1-527 aa
XP_057763952.1
488 aa
N
1
244
488
PTAC12
C
PF28667 PTAC12 8-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763950.1 Pfam PF28667 PTAC12 Family 1 527 3.1e-245 815.9 Plastid transcriptionally active protein 12
XP_057763951.1 Pfam PF28667 PTAC12 Family 1 527 3.1e-245 815.9 Plastid transcriptionally active protein 12
XP_057763952.1 Pfam PF28667 PTAC12 Family 8 487 1e-242 807.5 Plastid transcriptionally active protein 12

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907968.1
TTAATTGGGAAAAATAGAAGTGTCAACCGCAAAGGTTGCAAACAACTGAAGTCGTTGAAATATCGCCATAAAACTACGCCACGCTTTTCCCTCAACAGCAAATTACTAAATTTAACGTTATCGGCTTCCGATAGCATTTTTGTTACTCTCTGTTATCCTCCAAAAACCTTGTCTCTGTTATGCTTAAACCCAAGTGAGATTTCTTGTAATAAAACCGTAAAACTATTGAGGAATTTATTCATTGGGAAAATGGCGTCTGT...
XM_057907967.1
TTAATTGGGAAAAATAGAAGTGTCAACCGCAAAGGTTGCAAACAACTGAAGTCGTTGAAATATCGCCATAAAACTACGCCACGCTTTTCCCTCAACAGCAAATTACTAAATTTAACGTTATCGGCTTCCGATAGCATTTTTGTTACTCTCTGTTATCCTCCAAAAACCTTGTCTCTGTTATGCTTAAACCCAAGTGAGATTTCTTGTAATAAAACCGTAAAACTATTGAGGAATTTATTCATTGGGAAAATGGCGTCTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985160
ATGGCGTCTGTTTCTCCTTCTTGGCATTATCAAGATGGAGGATTGAGAAGGATAGTTTCAGTGGACGCGGCCGTCACCAAGAATCTCAAGCTACCGTTTGCAGGTTCATTTTCTTCATCGATGTCAAAGTTTAAAGTAGTAACCATCTCTCCGTTAAAGAGGGCTCCTTTACTTACTCAAATAAAGTGCGAGAAAGATGATAAAGAGAGCCCCATCGAGCATATATCAGTTGAGCGATACCCGTATCATAGCTATATGGA...
LOC130985160
ATGGCGTCTGTTTCTCCTTCTTGGCATTATCAAGATGGAGGATTGAGAAGGATAGTTTCAGTGGACGCGGCCGTCACCAAGAATCTCAAGCTACCGTTTGCAGGTTCATTTTCTTCATCGATGTCAAAGTTTAAAGTAGTAACCATCTCTCCGTTAAAGAGGGCTCCTTTACTTACTCAAATAAAGTGCGAGAAAGATGATAAAGAGAGCCCCATCGAGCATATATCAGTTGAGCGATACCCGTATCATAGCTATATGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057763950.1
MASVSPSWHYQDGGLRRIVSVDAAVTKNLKLPFAGSFSSSMSKFKVVTISPLKRAPLLTQIKCEKDDKESPIEHISVERYPYHSYMDSTSGQLEPASGARASIPGEEYWPEGTSSRVRAARAPEPTGVSTGKPSFGKTPGSRRKRNKSSFSASQSSETNVSVNDQVEAESQEDSLDEPKDHLSGYVVYQAEPTGEELSSYELDKKIGNPHPFIDPEAKKPIEDPLTSEELWWNWRKTDKEQWSRWQRRRPDVETVFLKAM...
XP_057763951.1
MASVSPSWHYQDGGLRRIVSVDAAVTKNLKLPFAGSFSSSMSKFKVVTISPLKRAPLLTQIKCEKDDKESPIEHISVERYPYHSYMDSTSGQLEPASGARASIPGEEYWPEGTSSRVRAARAPEPTGVSTGKPSFGKTPGSRRKRNKSSFSASQSSETNVSVNDQVEAESQEDSLDEPKDHLSGYVVYQAEPTGEELSSYELDKKIGNPHPFIDPEAKKPIEDPLTSEELWWNWRKTDKEQWSRWQRRRPDVETVFLKAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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