Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000450

染色体: Chr05 坐标: 3413634-3418266 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000450
名称SmilChr05G000450
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 23
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3413634 - 3418266 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985169
GeneID130985169
locus_tag-
NCBI NameLOC130985169
原始查询SmilChr05G000450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 23
产物CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 23
ArabidopsisAT1G30270 (CIPK23)
CBL-interacting protein kinase 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839907]
identity=83; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0150700 (CIPK23)
-
identity=82.3; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF03822 (NAF); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057763970.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057763970.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057763970.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057763970.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3413870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr5:3413926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:3414327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C80
Chr5:3414524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:3414540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr5:3414551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B104,B85,D8
Chr5:3414786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B99,C55,C87,D1,D10
Chr5:3414825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B122,B34,B63,D5
Chr5:3415210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:3415279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B100,B123,C74
Chr5:3415778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,D10
Chr5:3416193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B108,B20,C70,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763970.1
468 aa
N
1
234
468
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Kinase-like
NAF
C
PF00069 Pkinase 24-279 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 25-274 aa PF14531 Kinase-like 111-239 aa PF03822 NAF 324-384 aa
XP_057763971.1
466 aa
N
1
233
466
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Kinase-like
NAF
C
PF00069 Pkinase 24-279 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 25-274 aa PF14531 Kinase-like 111-239 aa PF03822 NAF 324-384 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763970.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 24 279 3.8e-78 263.2 Protein kinase domain
XP_057763970.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 25 274 1.9e-40 139.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057763970.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 111 239 1.4e-06 28.5 Kinase-like
XP_057763970.1 Pfam PF03822 NAF Domain 324 384 2.1e-24 86.1 NAF domain
XP_057763971.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 24 279 3.8e-78 263.2 Protein kinase domain
XP_057763971.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 25 274 1.9e-40 139.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057763971.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 111 239 1.4e-06 28.5 Kinase-like
XP_057763971.1 Pfam PF03822 NAF Domain 324 384 2.1e-24 86.1 NAF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907988.1
GTCTCAGGGTTCACCATAATTACCCGTGCACCCCACCGTATCTTATGCCTACACCTCGCACATCACCTTCCTCAGTTGTATACTCTTCCTCGTATCACATCGAAACAGCAAAAAAGTTATTTTTGGATTAATTTATTTAATCAGTAAACCATATTATTGTTACGTTCAATCAATTGTTTTAGCCGACGCCTAAGCTCTCATCGCGCTAATCCCTAATCTAATTATCGCATTTATTAAGCCCTAATGATCCGACACTTCCC...
XM_057907987.1
GTCTCAGGGTTCACCATAATTACCCGTGCACCCCACCGTATCTTATGCCTACACCTCGCACATCACCTTCCTCAGTTGTATACTCTTCCTCGTATCACATCGAAACAGCAAAAAAGTTATTTTTGGATTAATTTATTTAATCAGTAAACCATATTATTGTTACGTTCAATCAATTGTTTTAGCCGACGCCTAAGCTCTCATCGCGCTAATCCCTAATCTAATTATCGCATTTATTAAGCCCTAATGATCCGACACTTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985169
ATGGTGATGGCATCGAGATCAAGCGCTGGTGGCGGCGGCGGCAGTAGTAGCCGGACGCGCGTGGGGAGATATGAATTGGGGAGGACTTTGGGAGAGGGGACTTTTGCGAAAGTTAAGTTTGCTAGGAATCTGGAGACAGGTGAGAATGTGGCGATCAAGATTCTTGATAAGGAGAAGGTTCTCAAACATAAGATGATTGGCCAGATCAAGCGCGAAATTTCAACCATGAAATTGATAAGGCATCCCAATGTCATCCGGAT...
LOC130985169
ATGGTGATGGCATCGAGATCAAGCGCTGGTGGCGGCGGCGGCAGTAGTAGCCGGACGCGCGTGGGGAGATATGAATTGGGGAGGACTTTGGGAGAGGGGACTTTTGCGAAAGTTAAGTTTGCTAGGAATCTGGAGACAGGTGAGAATGTGGCGATCAAGATTCTTGATAAGGAGAAGGTTCTCAAACATAAGATGATTGGCCAGATCAAGCGCGAAATTTCAACCATGAAATTGATAAGGCATCCCAATGTCATCCGGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763970.1
MVMASRSSAGGGGGSSSRTRVGRYELGRTLGEGTFAKVKFARNLETGENVAIKILDKEKVLKHKMIGQIKREISTMKLIRHPNVIRMYEVMASKTKIYIVMEFVTGGELFDKIASRGRLKEDEARKYFQQLINAVDYCHSRGVYHRDLKPENLLLDANGVLKVSDFGLSALPQQVREDGLLHTTCGTPNYVAPEVINNKGYDGAKADLWSCGVILFVLMAGYLPFEESNLMALYKKIFKADFTCPSWFSSSAKKLIKRIL...
XP_057763971.1
MVMASRSSAGGGGGSSSRTRVGRYELGRTLGEGTFAKVKFARNLETGENVAIKILDKEKVLKHKMIGQIKREISTMKLIRHPNVIRMYEVMASKTKIYIVMEFVTGGELFDKIASRGRLKEDEARKYFQQLINAVDYCHSRGVYHRDLKPENLLLDANGVLKVSDFGLSALPQQVREDGLLHTTCGTPNYVAPEVINNKGYDGAKADLWSCGVILFVLMAGYLPFEESNLMALYKKIFKADFTCPSWFSSSAKKLIKRIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器