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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000458

染色体: Chr05 坐标: 3464737-3470105 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000458
名称SmilChr05G000458
描述transcription factor TCP2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3464737 - 3470105 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985179
GeneID130985179
locus_tag-
NCBI NameLOC130985179
原始查询SmilChr05G000458

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TCP2-like
产物transcription factor TCP2-like
ArabidopsisAT4G18390 (TCP2)
TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827568]
identity=41.4; qcov=0.908; evalue=3.6e-72; confidence=medium
RiceOs07g0152000 (OsTCP21)
-
identity=40.7; qcov=0.778; evalue=5.37e-48; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation)
KEGG-
PfamPF03634 (TCP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763982.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763982.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763982.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763982.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057763982.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3466718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr5:3466730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C82
Chr5:3466745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:3466839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:3466842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B77,B87,C22,D9
Chr5:3466900 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 234 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B83,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C1,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D9
Chr5:3466957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B139
Chr5:3466962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr5:3466997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr5:3467005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,D7
Chr5:3467012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C35,D7
Chr5:3467030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763982.1
468 aa
N
1
234
468
TCP
C
PF03634 TCP 85-238 aa
XP_057763983.1
468 aa
N
1
234
468
TCP
C
PF03634 TCP 85-238 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763982.1 Pfam PF03634 TCP Family 85 238 8.7e-42 144.0 TCP family transcription factor
XP_057763983.1 Pfam PF03634 TCP Family 85 238 8.7e-42 144.0 TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908000.1
GAAAATAAAAGGATGAAGATGCAAAGAGAGGGCAACGGCGCTGTGTCTGTCCTTTCCCGATATGCCCGCTGACTTGCTCCAATCGATTTAACCCCATTTTGTTCATCCTCATTGCCTCCACCTTAATTTATTTCCAAAATATAAACCCTAAATTCTCGTAAAATTTTCAATTTTTTTCTTCAATTTTGTGGAATTAAATTCGAAGCATTACTTTCTGAGCTAATTTTACTGCTTTGGAGTTCGGAAAGTTGGGAGATAGG...
XM_057907999.1
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGTTCGATTTCCATCTCGTCTCCACCATTTTCTTCAACATCGAAGAGTTTCGAGATTTTGCGGGAAGAAAAATAAACAAGTGTTGATAATAAGTTAAGCGTCTGAGCAGCTCCACAGGCTTTGGTTTTGCTTTTGAAGGCACTGCAAAAAAGCTTCAAACGAAGGCCTCCCCCCTCTCCACCCTACCCCACCCCCCCACCCGACCCCCCGCCCAACACCCACCTCATCCCACCCTCCTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985179
ATGGAGGTAGATGATCAGATTCAATGTAAGTTCCCCAGAATCAGCAATGGCAACGGAAGGCTCGACGCCACTAAATTAGGGCACGCGCAGAAGATGGACGACCAGTACCCGGATGAAGAGGAGGAAGGAGATAACAAAAGACAAAACGCCACTGGCGGCGGCGTGCGTAACGGCGGCGTTGATCTCAGCGGCGGCGTTGGCAGGTTCTACGGCTGGCCTTCCTCGCGAATTGTTAGGGTTTCGCGAGCATCCGGCGGGAA...
LOC130985179
ATGGAGGTAGATGATCAGATTCAATGTAAGTTCCCCAGAATCAGCAATGGCAACGGAAGGCTCGACGCCACTAAATTAGGGCACGCGCAGAAGATGGACGACCAGTACCCGGATGAAGAGGAGGAAGGAGATAACAAAAGACAAAACGCCACTGGCGGCGGCGTGCGTAACGGCGGCGTTGATCTCAGCGGCGGCGTTGGCAGGTTCTACGGCTGGCCTTCCTCGCGAATTGTTAGGGTTTCGCGAGCATCCGGCGGGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763982.1
MEVDDQIQCKFPRISNGNGRLDATKLGHAQKMDDQYPDEEEEGDNKRQNATGGGVRNGGVDLSGGVGRFYGWPSSRIVRVSRASGGKDRHSKVLTSKGLRDRRVRLSVNTAIQFYDLQDRLGYDQPSKAVEWLLKAAASSIAELPPMNTPFPDTPKQLSDEKRSSTAGSDQLCFDSAEIDLDGGGDPNYSGQQQVTKSSACSSTSETSKGSGLSLSRSESRIKARERAKERVAEKEKENEPTHKGSLNPISHTTSFTELL...
XP_057763983.1
MEVDDQIQCKFPRISNGNGRLDATKLGHAQKMDDQYPDEEEEGDNKRQNATGGGVRNGGVDLSGGVGRFYGWPSSRIVRVSRASGGKDRHSKVLTSKGLRDRRVRLSVNTAIQFYDLQDRLGYDQPSKAVEWLLKAAASSIAELPPMNTPFPDTPKQLSDEKRSSTAGSDQLCFDSAEIDLDGGGDPNYSGQQQVTKSSACSSTSETSKGSGLSLSRSESRIKARERAKERVAEKEKENEPTHKGSLNPISHTTSFTELL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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