Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000465`

染色体: Chr05 坐标: 3513451-3514157 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000465`
名称	SmilChr05G000465
描述	uncharacterized SmilChr05G000465
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3513451 - 3514157 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985186`
GeneID	`130985186`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985186`
原始查询	`SmilChr05G000465`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839899]; symbol=AT1G30190; hit=AT1G30190; species=arabidopsis; confidence=low
产物	cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839899]; symbol=AT1G30190; hit=AT1G30190; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G30190` (AT1G30190) cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839899] identity=42.4; qcov=0.369; evalue=3.3e-09; confidence=low
Rice	`Os12g0616800` - identity=75.9; qcov=0.162; evalue=2.95e-08; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05553 (DUF761)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057763996.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057763996.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057763996.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763996.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763996.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3513861`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B3,C12,C5,C60,C72
`Chr5:3513861`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B3,C12,C5,C60,C72
`Chr5:3513865`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B3,C12,C5,C60,C72
`Chr5:3513865`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B3,C12,C5,C60,C72
`Chr5:3513902`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr5:3513977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C58
`Chr5:3514028`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr5:3514052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B132,B55,B68,C23
`Chr5:3514133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B3,C5,C60,C72
`Chr5:3514140`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	59	A15,A25,B102,B104,B108,B109,B119,B12,B122,B125,B132,B138,B139,B140,B16,B17,B18,B2,B24,B26,B33,B34,B40,B50,B55,B57,B58,B61,B66,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B81,B87,B97,C15,C23,C28,C29,C31,C32,C40,C47,C49,C55,C64,C66,C68,C73,C8,C81,C82,C9,D1,D11,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763996.1

179 aa

179

DUF761

PF05553 DUF761 151-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763996.1`	Pfam	`PF05553`	DUF761	Family	151	171	1.6e-07	31.4	Cotton fibre expressed protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908013.1
CTTCACAAAAAAAAAAATGGCAACGCCGTTGCCAAATCACACAGAGAAAATATTGGAGAAGAAATCCAATCTAAATTCGTTTTATGCCATTTCTATATTGATAATCATTTATATTTCGACATCCTACATCTTCAATCTCTCAGCTTCATCTCTGATGCGCACCACCAAATTCTGGTTCATCATCTCCAACTCCCTCATCCTCATCATCGCACTCGATTCTGGAGCCTTTTCTCTCTCTAAAACTCTCGTTTTTTTCGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985186
ATGGCAACGCCGTTGCCAAATCACACAGAGAAAATATTGGAGAAGAAATCCAATCTAAATTCGTTTTATGCCATTTCTATATTGATAATCATTTATATTTCGACATCCTACATCTTCAATCTCTCAGCTTCATCTCTGATGCGCACCACCAAATTCTGGTTCATCATCTCCAACTCCCTCATCCTCATCATCGCACTCGATTCTGGAGCCTTTTCTCTCTCTAAAACTCTCGTTTTTTTCGAAGATTACACCATTAATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763996.1
MATPLPNHTEKILEKKSNLNSFYAISILIIIYISTSYIFNLSASSLMRTTKFWFIISNSLILIIALDSGAFSLSKTLVFFEDYTINYNLQPNQIYHHAQPPEKIICVVSSDDHVNIPTTLEEKDEKLDGEKSEFEENAEEEENEYSRMSNEEVNRRVEEFIRRFNTQIRLQARTKTDHP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器