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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000477

染色体: Chr05 坐标: 3684175-3686619 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000477
名称SmilChr05G000477
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3684175 - 3686619 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985202
GeneID130985202
locus_tag-
NCBI NameLOC130985202
原始查询SmilChr05G000477

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
产物glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 14-like
ArabidopsisAT4G18340 (AT4G18340)
Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827561]
identity=60.5; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0531000
-
identity=61.9; qcov=0.815; evalue=1.1e-146; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057764015.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057764015.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764015.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764015.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3684670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:3684785 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C40
Chr5:3684785 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C40
Chr5:3684795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C23
Chr5:3684796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:3684929 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A20
Chr5:3684929 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A20
Chr5:3685095 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr5:3685095 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr5:3685101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B35,B37,B50
Chr5:3685239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B46,C29,C39
Chr5:3685240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B46,C29,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764015.1
406 aa
N
1
203
406
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 30-346 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764015.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 30 346 2.9e-82 277.4 Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908032.1
ATTCATTATTCAAAACAACTAATTAAGGCCTATGTTATGTTATGTGCCTTAGCCAACCCACCCAACTCTCAAAACCCCCCAACCCAAATAAACTACAAACAAACAAGTAAAGAAAAGAATTCACCCCCCACCCTATATATCCCCCCCTTCTCCCTCCATTTCATTTCCCCCCCTTTCTTGATTTATTTCACAAATCAAGAACCTTTTCATTCCTCTCTCAACAAGAAGAAGAAAAAGGAAAGTCATGGCAAAACATACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985202
ATGGCAAAACATACCTCCTTCTTACATATTCTTGTCGGATTCTTTCTCACTTTATCAGGTTTGGGCTTCATTGAAGAAGCAAAATCACTAGGCATAAACTACGGGCAGGTCGGGAACAACCTTCCGGCACCGGAGAAGGTTCTAGAACTTCTCCGGTCCCTGAAGCTGAGCAAAGCCCGAATCTACGACACGAACCCTCAAATCCTGACCGCATTCGCCAACTCCAACGTGGACCTGATCGTGACCGTTGAGAACGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764015.1
MAKHTSFLHILVGFFLTLSGLGFIEEAKSLGINYGQVGNNLPAPEKVLELLRSLKLSKARIYDTNPQILTAFANSNVDLIVTVENDMLATLMDPNQALQWVQTHIKPYYPATRITEIAVGNEVYTGDDTTLIGYLVPAMVSIHNALARLGLDAYIKVSTPNNLAVLQESFPPSAGTFRPQLAAIMPQFLQFLAATRAPFWINAYPYFAYKDSPGKIPIDYALLNANGGMFDPGTRLHYDNMLYAQVDAVIFAMARLGFGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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