当前解析结果
SmilChr05G000489| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000489 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000489 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000489 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 3823468 - 3826414 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024793 |
|---|---|
| GeneID | 131024793 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024793 |
| 原始查询 | SmilChr05G000489 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G47680 (AT3G47680)DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=26.5; qcov=0.547; evalue=1.96e-11; confidence=low |
| Rice | Os11g0303800- identity=26.1; qcov=0.814; evalue=1.8e-20; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024793 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810313.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810313.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810313.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810313.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057810313.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:3825574 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 42 | A10,A13,A16,A19,A6,B101,B102,B117,B120,B125,B133,B16,B18,B2,B20,B34,B36,B4,B40,B46,B48,B62,B66,B67,B7,B85,B9,B90,B99,C16,C27,C3,C37,C41,C50,C52,C53,C56,C72,C76,C77,C81 |
Chr5:3825592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C87 |
Chr5:3825597 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C59,C72 |
Chr5:3825611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B88 |
Chr5:3825660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A21,B124,B82,C58,D3 |
Chr5:3825660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B124,B82,C58,D3 |
Chr5:3825710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B113,B19,C31 |
Chr5:3825734 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:3825740 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 172 | A11,A13,A15,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B10,B100,B102,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B12,B120,B123,B124,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B17,B19,B20,B24,B25,B26,B27,B28,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B42,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B88,B91,B96,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C73,C75,C78,C79,C80,C82,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D6,D7,D8 |
Chr5:3825748 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B41,B88,B93,C49,C7 |
Chr5:3825754 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,B99 |
Chr5:3825756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810313.1PF14303
NAM-associated 144-271 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810313.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 144 | 271 | 2.9e-08 | 35.4 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。