Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000516`

染色体: Chr05 坐标: 3982971-3988809 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000516`
名称	SmilChr05G000516
描述	tobamovirus multiplication protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3982971 - 3988809 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985277`
GeneID	`130985277`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985277`
原始查询	`SmilChr05G000516`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tobamovirus multiplication protein 1-like
产物	tobamovirus multiplication protein 1-like
Arabidopsis	`AT3G59090` (Cand3) tobamovirus multiplication protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825078] identity=48.5; qcov=1.01; evalue=7.37e-106; confidence=high
Rice	`Os01g0751300` - identity=46; qcov=0.986; evalue=1.62e-96; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06454 (THH1_TOM1-3_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057764160.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057764160.1`
3	Endosome	内体	0.20000	`XP_057764160.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764160.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764160.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3986151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B22,B91
`Chr5:3987060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr5:3987288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:3987816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B115
`Chr5:3987816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr5:3987979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B98,C17
`Chr5:3988364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:3988382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:3988538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C61,C79,D10
`Chr5:3988545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B16,B87,C22,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764160.1

374 aa

187

374

THH1_TOM1-3_dom

PF06454 THH1_TOM1-3_dom 16-119 aa PF06454 THH1_TOM1-3_dom 170-311 aa

XP_057764161.1

353 aa

176

353

THH1_TOM1-3_dom

PF06454 THH1_TOM1-3_dom 16-119 aa PF06454 THH1_TOM1-3_dom 170-311 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764160.1`	Pfam	`PF06454`	THH1_TOM1-3_dom	Domain	16	119	2.9e-23	83.4	THH1/TOM1/TOM3 domain
`XP_057764160.1`	Pfam	`PF06454`	THH1_TOM1-3_dom	Domain	170	311	2.9e-23	83.4	THH1/TOM1/TOM3 domain
`XP_057764161.1`	Pfam	`PF06454`	THH1_TOM1-3_dom	Domain	16	119	2.3e-23	83.7	THH1/TOM1/TOM3 domain
`XP_057764161.1`	Pfam	`PF06454`	THH1_TOM1-3_dom	Domain	170	311	2.3e-23	83.7	THH1/TOM1/TOM3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908177.1
CGCTGCTCTTTCCTTTGGTCAAGTCTAGATACACACAGAATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGATTTAGAGAGAGAGGGGGATATACACATAGATATATAAAGAGAAAGGGTGGTGGGGGTGAAGGGAATCCCCACAGCCCTTGTAGTAGATCTGTTGAGAGCAGCGATATTCGAAGATACCATCCAAAAATTCTAAAGAGGAAAAAATATATCCCTTTGAGATACTTGCGCCACCACCG...

XM_057908178.1
AGAGAGACTGATTTAGAGAGAGAGGGGGATATACACATAGATATATAAAGAGAAAGGGTGGTGGGGGTGAAGGGAATCCCCACAGCCCTTGTAGTAGATCTGTTGAGAGCAGCGATATTCGAAGATACCATCCAAAAATTCTAAAGAGGAAAAAATATATCCCTTTGAGATACTTGCGCCACCACCGTACTTTCTTAGTTATCAACGAGGAGGATTAACAATTAATTCTTCTTATATGTAAAACTCGTCCGCACAATCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985277
ATGTTGGAATTGAGAGCGGGGAGGAGGTGCTACTCCGACGCGGTGGAGGGAGTGAATGTGGGACTGGCTTGTGTTGATGCGGTGATTGCATTTCTTGCTCTCTATAAGTTGATTAGAATTCATTCAAGGAATACACAGCTTGGATGGACTCGCCAAAAGGTCATTCATCTATTGATTGGGTCGTCCAATCTCGGTTATTTCCTTTATTTTGTATTAAATCTGGTTGCTGCCTGTAAGGGTTGGATTTGCTGGTCGTATTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764160.1
MLELRAGRRCYSDAVEGVNVGLACVDAVIAFLALYKLIRIHSRNTQLGWTRQKVIHLLIGSSNLGYFLYFVLNLVAACKGWICWSYSCGFVIMAFPKILFIAAFLLLLSFWVDLCHHPNDEEEDEGYNPQEALLEKMNKTSSQTNGHRRCCTFRLARIGSRQKIVIVVTVLVFAIMIASAVLIWLGLGSSPIESAVVAQVYVDLIAVVVLLLGGALACYGVVLFLKMKKVKSERASSEMWKVAGLAVVSVICFTSSASVA...

XP_057764161.1
MLELRAGRRCYSDAVEGVNVGLACVDAVIAFLALYKLIRIHSRNTQLGWTRQKVIHLLIGSSNLGYFLYFVLNLVAACKGWICWSYSCGFVIMAFPKILFIAAFLLLLSFWVDLCHHPNDEEEDEGYNPQEALLEKMNKTSSQTNGHRRCCTFRLARIGSRQKIVIVVTVLVFAIMIASAVLIWLGLGSSPIESAVVAQVYVDLIAVVVLLLGGALACYGVVLFLKMKKVKSERASSEMWKVAGLAVVSVICFTSSASVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器