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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000523

染色体: Chr05 坐标: 4012772-4014863 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000523
名称SmilChr05G000523
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06270
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4012772 - 4014863 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985298
GeneID130985298
locus_tag-
NCBI NameLOC130985298
原始查询SmilChr05G000523

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06270
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06270
ArabidopsisAT1G06270 (AT1G06270)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837138]
identity=48.4; qcov=0.933; evalue=1.27e-108; confidence=high
RiceOs07g0101200
-
identity=27.7; qcov=0.592; evalue=1.24e-12; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13041 (PPR_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764185.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764185.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764185.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764185.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4013688 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 13 A5,B120,B135,B15,B24,B45,B73,C18,C35,C4,C48,C7,D10
Chr5:4013709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C32
Chr5:4013772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:4013792 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A5,B120,B135,B42,C18,C35,C4,C75,D10
Chr5:4013834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:4013839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr5:4013857 TC * 1bp_deletion CDS_variant 1 C75
Chr5:4013868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr5:4013872 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A11,B102,B50,B66,C49,C52
Chr5:4013887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C78
Chr5:4013964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:4013994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764185.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
XP_057764186.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
XP_057764187.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
XP_057764188.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
XP_057764189.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
XP_057764191.1
341 aa
N
1
170
341
PPR_2
C
PF13041 PPR_2 167-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764185.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family
XP_057764186.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family
XP_057764187.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family
XP_057764188.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family
XP_057764189.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family
XP_057764191.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 167 214 3.7e-11 43.7 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908208.1
AGTTTTATTAATTTCGATTTTTTTTAGGGATACTAATTTCGAATTCATGTAAGTATATACATAAAATTATAAATACTTGATAGAGTAGAAGCCATCCATATAAATACTTTGATTCTTAAAATTTTAGCGCTAAAATCTAACCAATTAATCTCCCAACTCAACTCCACCAACTGTTCGACCAAATTTCCCAACCAGATCCGATTTCAATATCCAGCCATGGCGTCAGCAGCTGCGAGATTTCGATCATCAATCTCACGCCA...
XM_057908205.1
ATGTAAGTATATACATAAAATTATAAATACTTGATAGAGTAGAAGCCATCCATATAAATACTTTGATTCTTAAAATTTTAGCGCTAAAATCTAACCAATTAATCTCCCAACTCAACTCCACCAACTGTTCGACCAAATTTCCCAACCAGATCCGATTTCAATATCCAGCCATGGCGTCAGCAGCTGCGAGATTTCGATCATCAATCTCACGCCACCCAATCGGCGGTCTCGCTCAATATTCGGCTTCCTCAAGTTCAAAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130985298
ATGGCGTCAGCAGCTGCGAGATTTCGATCATCAATCTCACGCCACCCAATCGGCGGTCTCGCTCAATATTCGGCTTCCTCAAGTTCAAATCTCGAAGAATCAATACGAGCGGCAGTGGAAGCCAAGGCATACCAGAAAATCCCCCAAATCCTCAACGCAGCAATCGATTCCTGCCGGAACCCTAATCCGTTCACGTTCCTTTCAAAATTCTCAGAGAGCCGTAGATTCGAAATCATCGACGAAATGCTGCAATCCTTCAT...
LOC130985298
ATGGCGTCAGCAGCTGCGAGATTTCGATCATCAATCTCACGCCACCCAATCGGCGGTCTCGCTCAATATTCGGCTTCCTCAAGTTCAAATCTCGAAGAATCAATACGAGCGGCAGTGGAAGCCAAGGCATACCAGAAAATCCCCCAAATCCTCAACGCAGCAATCGATTCCTGCCGGAACCCTAATCCGTTCACGTTCCTTTCAAAATTCTCAGAGAGCCGTAGATTCGAAATCATCGACGAAATGCTGCAATCCTTCAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057764185.1
MASAAARFRSSISRHPIGGLAQYSASSSSNLEESIRAAVEAKAYQKIPQILNAAIDSCRNPNPFTFLSKFSESRRFEIIDEMLQSFISIRPRSQPRRAYSCLLSLTLDTSINHLPLALAVVQRTLRSGCLPPPQIHLLLAKSWLDRRRRQQAAARILSEMKLIGYSPDCGTCNYLILSLCKIDQFAEAIEVLRGMGRAGCAPDSDSFGGLINELSEARMVDVAVEVMADMVRVHKLSPRRETVVKAVAAMRANREARRAV...
XP_057764186.1
MASAAARFRSSISRHPIGGLAQYSASSSSNLEESIRAAVEAKAYQKIPQILNAAIDSCRNPNPFTFLSKFSESRRFEIIDEMLQSFISIRPRSQPRRAYSCLLSLTLDTSINHLPLALAVVQRTLRSGCLPPPQIHLLLAKSWLDRRRRQQAAARILSEMKLIGYSPDCGTCNYLILSLCKIDQFAEAIEVLRGMGRAGCAPDSDSFGGLINELSEARMVDVAVEVMADMVRVHKLSPRRETVVKAVAAMRANREARRAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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