当前解析结果
SmilChr05G000524| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000524 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000524 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000524 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4016728 - 4021234 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985267 |
|---|---|
| GeneID | 130985267 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985267 |
| 原始查询 | SmilChr05G000524 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07468 (Agglutinin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985267 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057764131.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057764131.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764131.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764131.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764131.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4017279 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:4017286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B14 |
Chr5:4017318 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A20,B25,B35,B68,B88,C40 |
Chr5:4017354 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A14,A6,B105,B106,B107,B113,B126,B14,B2,B22,B42,B43,B51,B55,B62,B69,B70,B74,B76,B88,C2,C27,C28,C34,C45,C54,C62,C71,D5,D6 |
Chr5:4017355 |
CGT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A14,A6,B105,B106,B107,B113,B126,B14,B2,B22,B42,B43,B51,B55,B62,B69,B70,B74,B76,B88,C2,C27,C28,C34,C45,C54,C62,C71,D5,D6 |
Chr5:4017410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C8 |
Chr5:4017439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B140,B24,B93,C33,C78 |
Chr5:4017459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B89,C19,C38,C51 |
Chr5:4017469 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B140,B24,B93,C33,C78 |
Chr5:4017495 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A20,B138,B30,B51,C59 |
Chr5:4017495 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B138,B30,B51,C59 |
Chr5:4018119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B124,B54,B94,B95 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764131.1PF07468
Agglutinin 43-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764131.1 |
Pfam | PF07468 |
Agglutinin | Domain | 43 | 118 | 8.2e-15 | 56.0 | Agglutinin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。