当前解析结果
SmilChr05G000532| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000532 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000532 |
| 描述 | purine permease 21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4072232 - 4073529 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985290 |
|---|---|
| GeneID | 130985290 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985290 |
| 原始查询 | SmilChr05G000532 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | purine permease 21-like |
| 产物 | purine permease 21-like |
| Arabidopsis | AT4G18220 (AT4G18220)Drug/metabolite transporter superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827548] identity=43.8; qcov=0.972; evalue=4.97e-102; confidence=medium |
| Rice | Os02g0689200 (OsPUP11)- identity=38.7; qcov=0.994; evalue=4.51e-81; confidence=medium |
| GO | GO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF16913 (PUNUT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985290 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057764176.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057764176.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057764176.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057764176.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764176.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4072277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,A8,B51,C35,D5 |
Chr5:4072287 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,B100,B14,B37,C74 |
Chr5:4072402 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B123 |
Chr5:4072402 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr5:4072413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:4072463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,B89 |
Chr5:4072523 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr5:4072548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B136,C11 |
Chr5:4072566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C6 |
Chr5:4072575 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr5:4072652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr5:4072679 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C39 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764176.1PF16913
PUNUT 34-347 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764176.1 |
Pfam | PF16913 |
PUNUT | Family | 34 | 347 | 1.8e-92 | 310.8 | Purine nucleobase transmembrane transport |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。