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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000533

染色体: Chr05 坐标: 4077156-4078855 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000533
名称SmilChr05G000533
描述probable purine permease 10
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4077156 - 4078855 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985274
GeneID130985274
locus_tag-
NCBI NameLOC130985274
原始查询SmilChr05G000533

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable purine permease 10
产物probable purine permease 10
ArabidopsisAT4G18210 (PUP10)
purine permease 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827546]
identity=51.4; qcov=0.985; evalue=2.65e-135; confidence=high
RiceOs02g0689200 (OsPUP11)
-
identity=50.1; qcov=0.934; evalue=4.97e-121; confidence=high
GOGO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF16913 (PUNUT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985274

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764158.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057764158.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057764158.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764158.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4077527 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr5:4077527 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr5:4077617 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C59
Chr5:4077617 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C59
Chr5:4077734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr5:4077766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:4077849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:4077853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr5:4077966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,C10,C56
Chr5:4077990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B57,B78,B9
Chr5:4077993 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B110,B64,B78,B9,C1,C83
Chr5:4078015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B114,C16,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764158.1
391 aa
N
1
196
391
PUNUT
C
PF16913 PUNUT 44-359 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764158.1 Pfam PF16913 PUNUT Family 44 359 2.1e-115 386.1 Purine nucleobase transmembrane transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908175.1
CATAGATTCATTATTTCTCGTTTCATATAAATATATATATTCTCAAATTATTATTTCTGCCGTATAGAAATGATATCTTCGACACACGTTTTATATGACGATAAACCAAACTAGCTCTCATTTCCCTCTATTTAATTTCTTCATATTTATTTCATCATCGCCATGGGAGAAGCTCAGGAACTGCACCCTCAAATCAATGCTCTGAAAGCCGAAGCAGAAGTAGCAGAAGCAGAAAGCTCACCGGAAATCAAGAAGAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985274
ATGGGAGAAGCTCAGGAACTGCACCCTCAAATCAATGCTCTGAAAGCCGAAGCAGAAGTAGCAGAAGCAGAAAGCTCACCGGAAATCAAGAAGAAATCCTTGGTGACACAGTACAAATGGTGGCTGGAAATGCTCATCTACTCATTCTTCGTCCTCGCCGGCCAGACCGTCGGAACAATCCTCGGCAGATTGTACTACGACAGCGGCGGCAAAAGCAATTGGATGGCAACATTAGTCCAAGTCGTCGGATTCCCCGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764158.1
MGEAQELHPQINALKAEAEVAEAESSPEIKKKSLVTQYKWWLEMLIYSFFVLAGQTVGTILGRLYYDSGGKSNWMATLVQVVGFPVLIPFQFFTTAAAVDGDSTSRRRPMILAAFYVAIGVFLAVDCMLYSIGIRYLPVTTYTLICASQLGFNAVFSLFLNRQKFTPYIINSLVLLTVSSTLLVFEPDSGGATNTSKRKYVIGFVCTLAASAGYAMMLSLTQVAFQKIIKKESTRAIVDMNLYQNMVATLVLLIGLFAGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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