当前解析结果
SmilChr05G000533| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000533 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000533 |
| 描述 | probable purine permease 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4077156 - 4078855 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985274 |
|---|---|
| GeneID | 130985274 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985274 |
| 原始查询 | SmilChr05G000533 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable purine permease 10 |
| 产物 | probable purine permease 10 |
| Arabidopsis | AT4G18210 (PUP10)purine permease 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827546] identity=51.4; qcov=0.985; evalue=2.65e-135; confidence=high |
| Rice | Os02g0689200 (OsPUP11)- identity=50.1; qcov=0.934; evalue=4.97e-121; confidence=high |
| GO | GO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF16913 (PUNUT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985274 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764158.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057764158.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057764158.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764158.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764158.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4077527 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B59 |
Chr5:4077527 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr5:4077617 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C59 |
Chr5:4077617 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr5:4077734 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr5:4077766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr5:4077849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr5:4077853 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C87 |
Chr5:4077966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,C10,C56 |
Chr5:4077990 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B57,B78,B9 |
Chr5:4077993 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B110,B64,B78,B9,C1,C83 |
Chr5:4078015 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B114,C16,C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764158.1PF16913
PUNUT 44-359 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764158.1 |
Pfam | PF16913 |
PUNUT | Family | 44 | 359 | 2.1e-115 | 386.1 | Purine nucleobase transmembrane transport |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。