Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000535`

染色体: Chr05 坐标: 4097265-4099578 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000535`
名称	SmilChr05G000535
描述	WRKY transcription factor 28-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4097265 - 4099578 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985303`
GeneID	`130985303`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985303`
原始查询	`SmilChr05G000535`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WRKY transcription factor 28-like
产物	WRKY transcription factor 28-like
Arabidopsis	`AT4G18170` (WRKY28) WRKY DNA-binding protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827542] identity=46; qcov=0.872; evalue=9.24e-64; confidence=high
Rice	`Os01g0626400` (WRKY11) - identity=43.1; qcov=0.951; evalue=2.39e-52; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985303

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764195.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764195.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764195.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764195.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764195.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4097616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C44
`Chr5:4097628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:4097700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr5:4097788`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A11
`Chr5:4097788`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A11
`Chr5:4097799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr5:4097862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,C46
`Chr5:4098889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C49
`Chr5:4098972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr5:4099018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr5:4099122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr5:4099182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764195.1

329 aa

164

329

WRKY

PF03106 WRKY 185-242 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764195.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	185	242	3.8e-27	95.0	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908212.1
GGGGCTGACCTTTTCTTGTATCTCCACTAAATTAATTAATAAACGACGATTAACTCACGTAATTAAATCAAAATCATTATTATTTTCTCGTCAAAGCTTTTAAATAAATGACATAAAAGCAAATCCAAGCCCTTGTCAAACCTAAAGCTCATATTCTTCTCCTTTCTCCACCAGTCTACTCACTCCCATCCTTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCTCTCTCTCTCTCATCATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985303
ATGTCGGAGGATTTCACAGCTGATTTCTACTACCGCCACCCATTTCAAGATGATCAGCGGCGGACAACCACCACGGCGGCCTTCACATACTCCGGCAGCCATTCCTCCGCCTACGCCAACGATATCTCAAGCACTTTCTCGGCCGACCATTCCTCCGTCGTCGACAACAATCTGCAAATGTTCGATCCTACTTACGCCAGCTTTGCTGAGTTCCTGCATGGATCCAACGATAACACCTCGTTCTCCGCCGCCTTCGGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764195.1
MSEDFTADFYYRHPFQDDQRRTTTTAAFTYSGSHSSAYANDISSTFSADHSSVVDNNLQMFDPTYASFAEFLHGSNDNTSFSAAFGLSPSSSVAVEDQHTPAVEAARGGGETTPATPNSSISSSSAEAAAADEDLSKGKKEAKETLEDADGDSSKKDSKTKKKAEKKQRQPRYAFMTKSEVDHLEDGYRWRKYGQKAVKNSPYPRSYYRCTTQKCPVKKRVERSYEDPSIVITTYEGQHNHHVPATLRGNAAAMFNPSML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器